Работа с PSI-Blast.

Параметры программы blastp:
   учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) нет
   фильтр на области низкой сложности да
   максимальное значение E-value 10
   максимальное количество находок (Number of Descriptions ) 1000

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5e-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	-	-	-	-	-
В животных (Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25%	139
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28%	65

Для Escherichia coli не удалось найти гомологов или вообще более ли менее родственных белков. В человеке по сути тоже не оказалось гомологов, т.к. E-value чрезвычайно высок, а следовательно это скорее случайное совпадение.

Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST

Параметры программы blastp:
   учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) нет
   фильтр на области низкой сложности да
   максимальное значение E-value 10
   максимальное количество находок (Number of Descriptions ) 1000

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	21	5	5	-	-	-	-	CRNL1_HUMAN	5.8	28%	65
2	38	17	94	89					FRAP_HUMAN	4e-42	22%	136
3	38	0	876	782
4			887	11
5			887	0

1. PSI-BLAST используется для наиболее достоверного поиска гомологов данного белка.
2. Первая итерация - это множественное выравнивание найденных последовательностей, составление профилей по ним и поиск по профилям.
3. Результат 2го упражения представляет собой статистику нахождения гомологов белка LGB1_LUPLU в определнных группах организмов.
4. Поскольку уже после первой итерации в E. coli не было обнаружено гомологов, то соответсвенно последующие итерации стали невозможными. В случае с человеком, то после первой итерации не было найдено гомологов с хорошим E-value, на второй стадии - были те же белки, но с лучшим E-value и в другом порядке.