Филогенетические деревья, реконструированные разными способами.

Эталонное выравнивание доменов.

                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                        
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   R Q T L T L R G L G D - - W D R V V V V G L G - - - - - - - A S A A D P Q W S G A V V G R A L V N D S A P V T V L   :   4 8
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   G E S L L L Y T E E - - - - G P V L L F G R G E D D R - - - - - - - - - - E S G G R L A Q A L Q R L A F P E A L V   :   4 3
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   G R V L V L P G R D G A I A G - - A L F G T G E A P E - - - - - N G Q P Q L I A G K L A R N L P E - - - - - - - -   :   4 2
A M P A _ S Y N E L   :   G T S L L M R L L P N F P L K K L L L V G L G N R E D - - - F N L E A L R R T A A T I A R T A R R E R A K T L G M   :   5 4
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   G E A Y V L L E G N G E V - - - T V F V G I G N V E E D I L L V K N N A R K A G A S A Y K C V S Q F K N M E M S L   :   5 4
                          g     l   6                             G   G                                                                              
                                                                                                                 
                            6 0                   *                 8 0                   *                      
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   T G G - - - - - - - - - L P A E T V A A F A T G M G I G H Y R S D L Y Q A G R   :   7 8
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   E P L - - - - - - - - - - - - E D A Y A L A E G L L L G A Y R F D R L K T K R   :   7 0
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   - - - G D W H I E G K P - - - G D A G L A A L A F L M G G Y S F T R Y R K A N   :   7 5
A M P A _ S Y N E L   :   A L P - - H E T L E A A - - - D A A Q A I A E G V I L A L H S D V R F K T D P   :   8 8
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   T S E - - - - - - - - - - - - Y M A R E V V S G I M L A S Y K Y - R F L H K E   :   8 0
                                                            a       a   g     6     y       r                    
В данном задании было предложенно на основании матрицы попарного совпадения последовательностей (полученной в GeneDoc из эталонного выравнивания) сделать матрицу "наивных" эволюционных расстояний между последовательностями - имея проценты идентичночти, установить родство доменов. Результат приведен на листе Distances. Далее, на листе UPGMA представленно кластерное дерево, построенное исходя из предположенний родства. Исходя из полученнох таблиц, получена скобочная формула.
Ссылка на на листы: UPGMA.xls.

Реализация дерева.

Используя программы drawtree и drawgram пакета Phylip а также полученную скобочную структуру, были получены следующие деревья:
Drawtree Drawgram

Первая схема иллюстрирует неукорененное дерево - не показан общий предок, а лишь родство внутри группы данных белков. Во втором случае - предполагается, что у них имеется общий предок, хотя он и остается неизвестным. Но "попарное родство" сохраняется. Учитывая тот факт, что белки были подобраны фактически эмпирическим методом, то вернее будет первая схема, т.к. мы точно не можем сказать имеется ли в действительности у них общий предок. В таком случае Q9A9K3_CAU и Q72GW9_THE имели общего предка, но в процессе эволюции произошла дивергенция. Аналогично можно сказать пр пару AMPA_SYNEL и Q8SQZ7_ENC. Q8SQZ7_ENC является отдельным "листом", но наверняка в родстве с предыдущими парами. Однако ближе он находится к Q9A9K3_CAU и Q72GW9_THE.

Реализация дерева по методу ближайших соседей.

С помощью программы emma было построено множественное выравнивание тех же 5ти белков и выведена скобочная структура, впоследствии иллюстрированная в тех же программах пакета Phylip:
Drawtree Drawgram

©Попенко Анна