На главную страницу третьего семестра A and B DNA A and B DNA

А- и В-формы ДНК.

В первом задании нужно было пострить 2-цепочечную молекулу A и В ДНК, одна из цепей которой представляет собой четырежды повторяющеюся последовательность gatc. Это нужно было сделать с помощью команды fiber пакета 3DNA:
fiber -a gatc_a.pdb для А формы ДНК
fiber -a gatc_b.pdb соответсвенно для В формы.
Далее при помощи программы RasMol были исследованы полученные 2 файла, а также файл dna36.pdb.
 A-формаB-формаФайл dna36.pdb
Тип спирали (правая или левая) правая левая правая
Шаг спирали (Å) 28.02 33,74 36,43
Число оснований на виток 11 10 9
Ширина большой бороздки (Å) 7,98(С24) 17,20(G21) 11,15(T8)
Ширина малой бороздки (Å) 16,80(T23) 11,69(T11) 16,36(G6)

Исходя из полученных данных, 3й файл содержит фрагмент B-ДНК, т.к. по некоторым параметрам (ширина бороздок, тип спирали) он похож на 2ую ДНК. Однако в отличии от двух предыдущих ДНК, dna36 обладает наибольшей длинной витка при наименьшем количестве нуклеотидов в нем, впрочем это закономерно.

Эти 3 файла были анализированы другими программами из пакета 3DNA:
find_pair -t gatc_a.pdb stdout | analyze
В результате были получены 3 файла: gatc_a.out, gatc_b.out, dna36.out. В них, помимо всего прочего, содержится информация о результатах сравнения торсионных углов.
Альфа Бета Гамма Дельта Эпсилон Зета Чи
gatc_a.pdb (для каждого нуклеотида каждой цепи почти одиноакого) - 51.7 174.8 41.7 79.1(0) - 147.8(-147.7) - 75.1(-75.0) -157.2
gatc_b.pdb (для каждого нуклеотида каждой цепи почти одиноакого) - 29.9 136.4(136.3) 31.1(31.2) 143.3(143.4) -140.8 -160.5 -98.0(-97.9)

Для файла dna36.pdb:

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C     ---     ---    170.0    98.1  -164.1   -77.2  -152.7
   2 C    -70.0   177.0    56.9   148.5   -99.9   165.2   -83.7
   3 A    -74.7   145.9    52.1   143.0   173.4   -87.1   -82.3
   4 A    -70.1   177.7    47.5   123.7   173.6   -96.9   -96.8
   5 C    -65.2  -179.7    49.2   144.8  -114.2  -179.1   -95.6
   6 G    -75.5   153.4    43.4   130.4   168.8   -88.7  -105.3
   7 T    -64.4   170.5    65.3   125.6  -163.6   -85.3  -129.6
   8 T    -81.9  -173.3    45.5   134.3  -100.3   167.3   -88.1
   9 G    -75.6   152.2    48.3   145.6  -172.8   -87.9   -76.3
  10 G    -69.4   159.1    52.6    96.2    ---     ---   -107.4

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G    -69.4   159.1    52.6    96.2    ---     ---   -107.4
   2 G    -75.6   152.2    48.3   145.6  -172.8   -87.9   -76.3
   3 T    -81.9  -173.3    45.5   134.3  -100.3   167.3   -88.1
   4 T    -64.4   170.5    65.3   125.6  -163.6   -85.3  -129.6
   5 G    -75.5   153.4    43.4   130.4   168.8   -88.7  -105.3
   6 C    -65.2  -179.7    49.2   144.8  -114.2  -179.1   -95.6
   7 A    -70.1   177.7    47.5   123.7   173.6   -96.9   -96.8
   8 A    -74.7   145.9    52.1   143.0   173.4   -87.1   -82.3
   9 C    -70.0   177.0    56.9   148.5   -99.9   165.2   -83.7
  10 C     ---     ---    170.0    98.1  -164.1   -77.2  -152.7

Как отсюда видно, обе цепи представляют собой зеркальное отражение друг друга.

Далее эти ДНК были представленны в виде стопочных моделей при помощи следующих комманд:
rotate_mol -b gatc_a.pdb gatc_a_side.pdb
rotate_mol -b gatc_b.pdb gatc-b_side.pdb
rotate_mol -b dna36.pdb dna36_side.pdb
pdb2img -c -i gatc_a.pdb gatc_a.ps
pdb2img -c -i gatc_a_side.pdb gatc_a_side.ps
pdb2img -c -i gatc_b.pdb gatc_b.ps
pdb2img -c -i gatc_b_side.pdb gatc_b_side.ps
pdb2img -c -i dna36.pdb dna36.ps
pdb2img -c -i dna36_side.pdb dna36_side.ps
Полученные результаты:
А-ДНК
В-ДНК
DNA36

©Попенко Анна