На главную страницу третьего семестра Fasta, MEGABLAST

Поиск сходных нуклеотидных последовательностей, не кодирующих белок.


  1. В данном задании надо было выбрать четвертую аминокислоту в белке AMPA_ECOLI. Ей оказался серин. Далее необходимо было найти триплет, кодирующий эту аминокислоту в гене вышеназванного белка.Для этого в файле с полным геномом E. coli (AC: U00096) искали подходящую тРНК при помощи команды:
    grep codon.*ser ecoli.embl
    Были найдены 5 строчек, 2 из которых абсолютно одинаковые. Затем, сверившись с файлом, содержащим ген, кодирующим AMPA_ECOLI, выбрала подходящую тРНК и извлекла ее последовательность при помощи команды:
    seqret ecoli.embl -sask
    В файле с полным геномом E. coli ознакомилась с характеристиками гена с этой тРНК. Результаты приведены в таблице.
     Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка AMPA_ECOLI Ser
      Соответствующий кодон в гене xxx 5'-AGU-3'(complement)
      Идеальный антикодон 5'-ACU-3'
      Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка S, если опираться на генетический код?  6
      Сколько разных тРНК для остатка S аннотировано в геноме кишечной палочки?  5
      Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
          имя гена  serV
          локализация гена в геноме  2816575...2816667 (локус - b2695)
          распознаваемый кодон  5'-AGY-3'
          антикодон  5'-GCU-3'

    Результат поиска всех сериновых тРНК у Escherichia coli K-12

    FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codons recognized: UCD; anticodon: UGA serine tRNA1;
FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codon recognized: UCG; anticodon: CGA serine tRNA2;
FT                   /note="codons recognized: AGY; anticodon: GCU serine tRNA3;


  2. Суть этого упражнения заключается в том, чтобы найти сериновую тРНК, схожей с той из E. coli , в геноме B. subtilis(Z99104). Сначала были созданы индексные файлы для полного генома B. subtilis командой:
    formatdb -i bs_genome.fasta -p F -n bs
    Далее я проводила поиск различными программами. Результаты изложены в таблице.
    Программа FASTA BLASTN MegaBLAST discontiguous MegaBLAST
    Длина якоря  6  11  28  11(можно 12)
    Результаты поиска  70 (по выбору)  10  -  1
    Число находок с E-value < 0,01  0  0  -  0
    Характеристика лучшей находки:
          E-value  0.36  1.0    4.1
          длина выравнивания  95 (но знаков 155)  14  -  13
          вес выравнивания  26.9  28.2  -  26.3
          координаты в геноме  22280...22386 (22457)  130591...130604  -  68040...68052
    Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
          имя гена  trnSL-Ser1  trnQ-Arg  -  нет(частично из yqjK)
          это тРНК?  Да  Да  -  Нет
          это тоже сериновая тРНК?  Да  Нет  -  Нет

©Попенко Анна