На главную страницу четвертого семестра trees

Филогенетические деревья

Для оценки достоверности реконструированной топологии из предыдущего задания был использован бутстреп-анализ. Для этого сначала файл с выравниванием последовательностей мутантов (ali.fasta) подали на вход программе fseqboot:
fseqboot ali.fasta -auto
На выходе был получен файл ali.fseqboot, содержащий 100 бутстреп реплик выравнивания. Он в свою очередь обрабатывается программой fdnaml:
fdnaml ali.fasta -auto
Как мы помним из предыдущего занятия, эта программа строит деревья алгоритмом максимального правдоподобия. Таким образом мы получаем файл ali.treefile с 100 скобочных формул, сделанных на основе реплик изначального выравнивания. Финальной стадией является анализ полученных формул программой fconsense:
fconsense ali.treefile -auto
В итоге был получен файл ali.txt с консенсусным деревом. Сравним же его с оригиналом:

Консенсус

Оригинал


                       +------F
                +100.0-|
         +-97.0-|      +------E
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------B
  |      +-------100.0-|
  |                    +------A
  |
  +---------------------------C


  +---B         
  |  
  |                     +-------------F         
  |       +-------------4  
  |   +---3             +-------------E         
  |   |   |  
  1---2   +-----------D         
  |   |  
  |   +------------------C         
  |  
  +-----------A
А так же сравним разбиение их ветвей, т.к. это является главным критерием сравнения самих деревьев.
A   B   C   D   E   F
.   .   *   *   *   *
.   .   .   *   *   *
*   *   *   *   .   .

A   B   C   D   E   F
.   .   *   *   *   *
.   .   .   *   *   *
*   *   *   *   .   .
Как отсюда ясно, это два одинаковых неукорененных дерева. Так же в файле с отчетом приведены проценты количества появления тех или иных ветвей. Таким образом ветви EF и AB появились вовсех случаях, а ветвь ABC только в 97 случаях. Так же 2 раза встретилась ветвь CFE и 1 раз - CD.
Следующая цель - получение графического изображения филогенетического дерева. Для этого файл со скобочной формулой заданного дерева подается на вход программе fdrawtree.
fdrawtree formulae.txt ali.ps -auto
На выходе было получено следующие дерево:

Как мы видим, это неукорененное дерево содержит все необходимые ветви, т.е. можно сделать вывод что бутстреп анализ отлично выполняет свою функцию как программа оценки достоверности конструкции.
©Попенко Анна