Выравнивание последовательностей белка

Таблица 1. Характеристики 2ух лучших выравниваний полипротеина вируса полиомиелита и полипротеина вируса ящура

ID	AC	Score(B)	% Identity	% Positive	Gaps	Site length	Mature proteins
POLG_FMDV1 POLG_POL1M	P03306 P03300	638 (250)	29	48	8	644 615	Picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase 3D-POL Protease 3C, RNA-directed RNA polymerase
POLG_FMDV1 POLG_POL1M	P03306 P03300	397 (157)	37	51	9	263 277	Protein 2C Protein 2C

Карта локального сходства полипротеина вируса полиомиелита и полипротеина вируса ящура

Graph

Таблица 2. Сравнение веса выравнивания со случайным у гомологичных и негомологичных белков

	ID	Score	Median	Q₁	Score (B)	p
Пара гомологичных белков	CATE_ECOLI CATE_BACSU	1940.5	69.75	80.25	179.17	1.16×10^-54
Пара негомологичных белков	ADPP_ECOLI HPRK_MYCPN	54.0	40.0	46.5	3.15	1.13×10^-1

Таблица 3. Характеристика выравнивания гомологов ANW71083.1 из банка SW (BLAST)

ID	AC	Organism	% Identity	% Positive	Site length	% Gaps	Score (B)	Expect	% Coverage
METK_NEIMF	A1KS98.1	Neisseria meningitidis FAM18	100	100	389	0	2062 (798 bits)	0	100
METK_NEIM0	A9M1V8.1	Neisseria meningitidis 053442	99	99	389	0	2052 (795 bits)	0	100

© Макиевская Кьяра, 2017