При поиске гомологов в банке Swiss-Prot с помощью программы BLAST с параметрами по умолчанию было обнаружено 100 находок. По данным на сайте каждая из находок имеет E-value менее 0.001.
Список оказался лимитированным максимальным числом находок. При изменении параметров алгоритма поиска обнаружено было всего 593 находки.
Среди 593 находок максимальный E-value - 1.2
При изменении длины слова в параметрах алгоритма с 6 на 2 последовали некоторые изменения результатов поиска: общее число находок составило 603. Количество находок с E-value менее 0.001 составило 592. Максимальное E-value находки - 8.4.
При изменении объёма поиска - ограничении таксоном Amoebozoa - E-value выбранной находки (O09486.2) составил 5*10-143 при том, что при предыдущем поиске - 10-85.
По этим данным можно сделать вывод, что данный таксон занимает 1/(2*1058) часть банка, поскольку 10-85 : 5*10-143 = 2*1058
В результате ограничения поиска по таксону (и, как следствие, уменьшения банка) значение E-value уменьшилось,что подтверждает теоретическую информацию. При этом вес выравнивания (и обычный и в битах) не изменяется.
© Макиевская Кьяра, 2017-2020