В ходе выполнения данной работы, я изучила различия между множественными выравниваниями последовательностей ZUR_BACSU, ZUR_ECOLI, ZUR_MYCTU с помощью программ T-coffee, Mafft, Muscle. Далее приведен сам файл-проект формата JalView, а также скриншоты и описания 3 различий между выравниваниями:
3 выравнивания одних и тех последовательностей (Jalview)На прикрепленных скриншотах первое выравнивание (1 тройка) сделано с помощью программы T-coffee, второе (2 тройка) - Mafft, третье (3 тройка) - Muscle.
Первое отличие заключается в том, что при выравнивании с помощью T-coffee, аминокислоты MET(1) во всех 3 последовательностях являются гомологичными, в отличие от выравниваний с помощью Mafft и Muscle, где, например, MET(1) ZUR_ECOLI не гомологична ни одной из аминокислот ZUR_BACSU и ZUR_MYCTU.
Второе отличие заключается в том, что при выравнивании с помощью Mafft, в отличие от T-coffee и Muscle, аминокислотам GLY(76) (ZUR_BACSU) и GLY(68) (ZUR_MUCTY) гомологичен ASN(83) (ZUR_ECOLI). При выравнивании с помощью T-coffee и Muscle глицинам гомологичен SER(84).
Третье отличие заключается в том, что при выравнивании с помощью Mafft, в отличие от T-coffee и Muscle, аминокислотам CYS(84) (ZUR_BACSU) и CYS(75) (ZUR_MUCTY) гомологичен CYS(88) (ZUR_ECOLI). При выравнивании с помощью T-coffee и Muscle цистеинам гомологичен ASP(92).
Наиболее правдоподобным выравниванием мне показалось выравнивание с помощью программы Muscle, так как в JalView можно заметить меньшее количество гэпов, по сравнению с выравниваниями с помощью других программ. Это говорит о том, что данное выравнивание наиболее оптимальное. С другой стороны, в выравнивании с помощью Mafft на одну консервативную колонку больше.
© Макиевская Кьяра, 2017