EMBOSS и протеомы

Были рассмотрены протеомы двух организмов: Escherichia coli strain K12 и Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129). В Таблице 1 приведены данные, дающие основную информацию об этих протеомах.

Таблица 1. Основные данные

Организм	Uniprot ID	Число последовательностей	Число остатков
Escherichia coli K12	UP000000625	4313	1351619
Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)	UP000000808	687	239974

Расчет частот

Расчет частоты встречаемости аминокислотных остатков производился с помощью программы PuTTY и комманды wordcount пакета EMBOSS. Далее была проведена некоторая статистическая обработка данных. Ее результаты представлены в Таблице 2 и в файле excel.

Таблица 2. Статистические данные

	%, E.coli	%, M.pneumoniae	Δ
L	10,6758	10,3503	0,3255
A	9,5116	6,6736	2,8379
G	7,3705	5,5206	1,8499
V	7,0731	6,4786	0,5945
I	6,0098	6,6257	-0,6159
S	5,7968	6,4670	-0,6703
E	5,76597	5,6785	0,0874
R	5,5186	3,4870	2,0316
T	5,3941	5,9573	-0,5633
D	5,1492	4,9726	0,1765
Q	4,4434	5,3697	-0,9263
P	4,4283	3,4916	0,9367
K	4,4058	8,5609	-4,1552
N	3,9369	6,2073	-2,2704
F	3,8927	5,5993	-1,7067
Y	2,8447	3,2266	-0,3819
M	2,8225	1,5910	1,2315
H	2,2677	1,8094	0,4584
W	1,5319	1,5206	0,3501
C	1,1609	0,7786	0,4099

Комментарий к таблице Excel, составленной в результате изучения протеомов организмов E.coli K12 и M.pneumoniae ATCC 29342 / M129:

Была проанализирована частота встречаемости некоторых аминокислот обоих организмов:
Для организма E.coli K12 самыми частыми оказались:

L – 10,6758 %
A – 9,5116 %
G – 7,3705 %

Для организма M.pneumoniae ATCC 29342 / M129 самыми частыми оказались:

L – 10,3503 %
K – 8,5609 %
A – 6,6736 %

Для организма E.coli K12 самыми редкими оказались:

C – 1,1609 %
W – 1,5319 %
H – 2,2677 %

Для организма M.pneumoniae ATCC 29342 / M129 самыми редкими оказались:

C – 0,7786 %
W – 1,5206 %
M – 1,5910 %

Анализ процентных соотношений аминокислотных остатков показал, cамая большая разница в пользу E.coli - у A – 2,8379 %, а самая большая разница в пользу M.pneumoniae - у K – 4,1552 %.