Информация в Uniprot о белке HPr kinase/phosphorylase бактерии Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)
Таблица 1. Общая информация о белке HPr kinase/phosphorylase
| Uniprot ID | Uniprot AC | Refseq ID | PDB ID | Длина (амин.ост.) | Молекулярная масса(Да) | Рекомендуемое Uniprot название |
| HPRK_MYCPN | P75548 | NP_109911.1;
WP_010874580.1 | 1KNX | 312 | 35234 | Полное: HPr kinase/phosphorylase;
Сокращенное: HPrK/P |
Комментарии к таблице 1:
Согласно базе данных Uniprot, исследованный белок носит название HPr kinase/phosphorylase. Он характерен для организма Mycoplasma pneumoniae (штамм ATCC 29342 / M129). Исходя из информации Uniprot, PE (степень достоверности) 1 означает, что выявлены эксперементальные доказательства существования белка. Белок был занесён в базы данных UniProtKB/Swiss-Prot 1 ноября 1997 года. Длина белка составляет 312 аминокислотных остатка, молекулярная масса составляет 35234 Да. Является метаболически чувствительным ферментом, который катализирует АТФ, а также, возможно, катализирует пирофосфат-зависимое фосфорилирование Ser-47 в HPr, фосфокарьерного белка фосфоенолпируват-зависимой сахарфосфотрансферазной системы (PTS). HprK / P также катализирует пирофосфат-продуцирующее неорганическое фосфатно-зависимое дефосфорилирование (фосфоролиз) серилфосфорилированного HPr (P-Ser-HPr). Регулирующая роль HPrK / P в физиологии M.pneumoniae пока неизвестна. Структура белка известна полностью. Белок содержит 6 цепей. [1]
Таблица 2. Информация о кластерах
| Uniref | Cluster ID | Cluster name | Size |
| Uniref100 | UniRef100_P75548 | HPr kinase/phosphorylase | 2 |
| Uniref90 | UniRef90_P75548 | HPr kinase/phosphorylase | 3 |
| Uniref50 | UniRef50_P75548 | HPr kinase/phosphorylase | 6 |
Результаты сеансов поиска в Uniprot
Поиск по белку HPr kinase/phosphorylase
1) Среди всех организмов
| Текст запроса: name:"hprk p" |
| Сколько белков: 6,086 |
| Сколько из раздела Reviewed: 214 |
Ссылка |
2) В исходном организме
| Текст запроса: name:"hprk p" AND organism:"Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)" |
| Сколько белков: 1 |
| Сколько из раздела Reviewed: 1 |
Ссылка
3) Среди семейства организма (Mycoplasmataceae)
| Текст запроса: name:"hprk p" taxonomy:mycoplasmataceae |
| Сколько белков: 29 |
| Сколько из раздела Reviewed: 7 |
Ссылка
4) Среди отдела организма (Tenericutes)
| Текст запроса: name:"hprk p" taxonomy:tenericutes |
| Сколько белков: 37 |
| Сколько из раздела Reviewed: 7 |
Ссылка
Поиск по альбуминам
1) Среди всех организмов
| Текст запроса: name:albumin |
| Сколько белков: 886 |
| Сколько из раздела Reviewed: 77 |
Ссылка
|
2) Среди Metazoa
| Текст запроса: name:albumin taxonomy:metazoa |
| Сколько белков: 360 |
| Сколько из раздела Reviewed: 43 |
Ссылка
|
3) Среди позвоночных
| Текст запроса: name:albumin taxonomy:vertebrata |
| Сколько белков: 354 |
| Сколько из раздела Reviewed: 43 |
Ссылка
|
Поиск по трипсину
1) По слову трипсин
| Текст запроса: name:trypsin |
| Сколько белков: 18951 |
| Сколько из раздела Reviewed: 311 |
Ссылка
2) Ингибиторы
| Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor |
| Сколько белков: 3914 |
| Сколько из раздела Reviewed: 210 |
Ссылка
История изменений записи Uniprot
Uniprot дает возможность просматривать историю изменений записей о белке. Во вкладке History имеются все версии записей белка. Также возможно весьма удобно сравнивать разные версии записей. На момент изучения HPr kinase/phosphorylase на Uniprot последней актуальной версией является версия под номером 121. По сравнению с первой версией произошло большое количество изменений.
К примеру, ID поменялся с P75548 на HPRK_MYCPN. В строке OS поменялось видовое название (был добавлен штамм бактерии), в строках OC претерпела изменения таксономия. Были добавлены строки DE, в которых указываются рекомендуемые и альтернативные названия. Также была добавлена информация по характеристикам участков последовательностей в строках FT и общая информация о функции, биологический процессах и тд в строки CC.
Сравнение данных в базах Uniprot и RefSeq
Были сопоставлены записи о белке в Uniprot и RefSeq Protein [2]. В общем и целом, принципиальные различия не были обнаружены, однако визуально информация в RefSeq кажется более структурированной и, как следствие, более понятной. Также дата обновления данных в RefSeq страрше на почти на 2 года (на момент выполнения задания дата в Uniprot – 28 февраля 2018 года; RefSeq – 28 августа 2016 года). Недостатком RefSeq является отсутствие идентификаторов других баз данных, что ограничивает возможность получения дополнительной информации о белке.
Источники:
|