В качестве выравнивания прочтений с референсом был взят файл chr3_sort.bam из 12 практикума.
| Команда | Функция |
| bedtools bamtobed -i chr3_sort.bam > chr3_sort.bed | Переводит выравнивания из формата .bam в формат .bed |
| bedtools coverage -counts -a gencode.genes.bed -b chr3_sort.bed | grep -w -v 0 > coverage_chr3.bed | Находит глубину покрытия генов ридами. Опция -counts необходима для того, чтобы выводить только число вхождений, а не считать долю покрытия. |
Итог:
1. 21017 чтений попали в ген TFRC, кодирующий трансферриновый рецептор.
2. В текущей сборке ген находится по координатам NC_000003.12 (196018694..196082161, complement).
3. Включает 19 экзонов и 18 интронов.
4. Размер: 63,467 пар оснований.
5. 65 ридов попали в псевдоген RNU7-18P длиной 61 пар оснований (по итогу работы программы и 259 по данным NCBI).
Используемые источники:
1. Получите из файла в выравниванием файл с чтениями в формате fastq
| Команда | Функция |
| bedtools bamtofastq -i chr3_sort.bam -fq chr3_sort.fastq | -i (имя входного .bam), -fq (имя желаемого .fastq) |
2. Получите файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов.
| Команда | Функция |
| bedtools getfasta -fi chr3.fasta -bed 2.bed -name > 2.fasta | -bed: 2.bed Выводной файл: 2.fasta опция -name для того, чтобы имя fasta совпадало с 4ой колонкой в файле 2.bed |
4. Объедините Ваши чтения в кластеры (используйте bed файл с выровненными чтениями из Обязательной части задания).
| Команда | Функция |
| bedtools cluster -i chr3_sort.bed > 4.txt | Число кластеров (15) |
© Макиевская Кьяра, 2018