Сборка генома de novo

1. Подготовка чтений

Для начала мною был создан файл, в котором содержатся все адаптеры:
cat *.fa > adapters.fasta

Адаптеры удалялись с помощью команды:
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240387.fastq 2.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7

	До чистки	После чистки
Размер файла	1613 M	1612 M
Число чтений	15032810	15029657

Далее были удалены чтения длины менее 30 и нуклеотиды плохого качества с конца чтений:
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 2.fastq 3.fastq TRAILING:20 MINLEN:30

	До чистки	После чистки
Размер файла	1612 M	444 M
Число чтений	15029657	4437416

2. Сборка генома

29-mers были получены командой:
velveth 29mers 29 -fastq -short 3.fastq
Контиги были собраны командой:
velvetg 29mers/

	K-mers 29
N50	1374
Длина	633551
Количество контигов	1152
Самые длинные контиги	1)ID 78, lgth 7399, cov 33.421679 2)ID 26, lgth 6230, cov 25.778652 3)ID 21, lgth 5261, cov 23.969397

Встречаются контиги с аномальным покрытием, например, контиг ID 918 c покрытием 328.390909 и длиной 110.
Или также контиги ID 974 c покрытием 195.039474 и длиной 76 и ID 387 c покрытием 344.965517 и длиной 29.

3. Анализ

Рис.1. Контиг ID 78

Рис.2. Контиг ID 26

Рис.3. Контиг ID 21

Контиг	Mismatches	Gaps	Chromosome	Query coverage	Identity
78	1219	66	35162-42578	99%	84%
26	1248	111	536550-542787	99%	80%
21	677	108	584329-587054	51%	76%

Все три контига ложатся на геном без существенных разрывов и в одном месте.