Комплексы ДНК-белок

Задание 1.

Упр.1 и 2.

В данных упражнениях мы должны были предсказать структуру тРНК (PDB ID: 1QRT) с помощью программ find_pair, einverted из пакета EMBOSS и RNAfold, реализующей алгоритм Зукера. Результаты предсказания указаны в таблице ниже.

Участок структуры	Позиции в структуре (find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 2-7 3' 5' 61-65 3' Всего 6 пар	Предсказано 6 пар из 6 реальных	Предсказано 6 пар из 6 реальных
D-стебель	5’ 10-15 3’ 5’ 25-48 3’ Всего 6 пар	Предсказано 0 пар из 6 реальных	Предсказано 3 пары из 6 реальных
T-стебель	5’ 49-55 3’ 5’ 18-65 3’ Всего 7 пар	Предсказано 0 пар из 6 реальных	Предсказано 5 пар из 7 реальных
Антикодоновый стебель	5’ 37-44 3’ 5’ 26-33 3’ Всего 8 пар	Предсказано 0 пар из 6 реальных	Предсказано 8 пар из 8 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	27	6	22

Предсказание с помощью einverted

Параметры программы:
Вводимая нуклеотидная последовательность:1qrt.fasta
Штраф за гэп [12]: 12
Минимальное значение порога [50]:10 (при выборе 15, 20 или 50 программа выравнивание не находит)
Значение основания (канонической пары) [3]:3
Значение неканонической пары("несоответствие") [-4]:-4
Выходной файл – sequence.inv

Алгоритм Зукера

Программа RNAfold, использующая алгоритм Зукера, оказалась более эффективной в предсказании вторичной структуры тРНК, что показыают результаты сравнения ее деятельности с остальными двумя. Внизу представлено сгенерированное ей изображение:

1QRT

Задание 2.

Упр.1

Скрипт №1 Скрипт №2

Упр.2

Скрипт №3

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	89	93
остатками фосфорной кислоты	14+74=88	-	88
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	8	8
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	2	2

Упр.3.

Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью nucplot

Упр.4.

Наибольшее число контактов (7) с ДНК имеют аминокислотные остатки - PHE J 182 и PHE I 162. Таким образом, можно предположить, что это наиболее важные аминокислотные остатки для распознавания последовательности ДНК.

PHE I 162

PHE J 182