Рис.1. Vulpes vulpes
| Название вида (русское) | Лисица, лиса, обыкновенная или рыжая лисица |
| Название вида (латинское) | Vulpes vulpes |
| Краткое описание | Хищное млекопитающее семейства псовых, наиболее распространённый и самый крупный вид рода лисиц. Длина тела 60—90 см, хвоста — 40—60 см, масса — 6—10 кг. |
| Число сборок генома | 1 (GCA_003160815.1) |
| Общая длина | 2,421,568,072 |
| Число контигов сборки | 183,898 |
| Число скэффолдов сборки | 82,424 |
| Scaffold N50 | 12,472,085 |
| Scaffold L50 | 55 |
| Contig N50 | 55,45 |
| Contig L50 | 12,033 |
| Число аннотированных белков | 37,962 |
Табл.1. Информация о сборке генома
| Ключ: название (англ.) | Ключ: описание (рус.) | Пример из записи |
| CDS | Не содержащая стоп кодонов белок-кодирующая последовательность, содержащая информацию об аминокислотной последовательности пептидного или белкового продукта с последующими посттрансляционными модификациями. | CDS < 1..510 /note="ORF 1" /pseudo /codon_start=1 /product="gp85/sialidase homologue" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M91469.1 |
| gene | Имеющий название и представляющий интерес для изучения участок последовательности ДНК. | gene 194..1123 /locus_tag="SNL152K_6703" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/BHXA01000104.1 |
| exon | Участок генома, кодирующий сплайсирующийся участок mRNA, rRNA или tRNA; может содержать 5' некодирующие области, белок-кодирующие последовательности и 3' некодирующие области. | exon 2357..2438 /gene="LOC100381762" /inference="alignment:Splign:2.1.0" /pseudo https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_159423.1 |
| ncRNA | Не кодирующий белок ген, рРНК или тРНК, транскрибирующийся в функционирующую РНК последовательность. | ncRNA complement(48289..48467) /ncRNA_class="other" /gene="ssrS" /locus_tag="DQH42_RS07540" /product="6S RNA" /inference="COORDINATES: nucleotide motif:Rfam:12.0:RF00013" /inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: cmsearch." /db_xref="RFAM:RF00013" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_RAAR01000040.1 |
| rRNA | Зрелая рибосомальная РНК; РНК-компонента рибонуклеопротеина (рибосома), которая собирает аминокислоты в белки. | rRNA 169..1713 /locus_tag="C7543_RS16420" /old_locus_tag="C7543_3285" /product="16S ribosomal RNA" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_RBIB01000009.1 |
| tRNA | Зрелая транспортная РНК; небольшая молекула РНК, определяющая трансляцию последовательности нуклеиновых кислот в аминокислотную последовательность | tRNA 1806..1881 /locus_tag="C7543_RS16425" /old_locus_tag="C7543_3286" /product="tRNA-Ala" /inference="COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:1.23" /anticodon=(pos:1839..1841,aa:Ala,seq:tgc) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_RBIB01000009.1 |
| centromere | Участок, идентифицированный, как центромер | centromere
<1..>447 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MG708499.1 |
Табл.2. Ключи, использующиеся в поле "особенности" баз данных
| Название проекта | The 100.000 Genomes Project |
| Цель | Секвенирование 100.000 геномов людей с редкими заболеваниями, членов их семей и пациентов, больных раком. |
| Год начала | 2012 |
| Организация | Department of Health & Social Care |
| Страна | UK |
| Планируемый год завершения | - |
| Количество секвенированных геномов на 2018 год | 87.231 |
Табл.3. Состояние дел в The 100.000 Genomes Project на 2018 год
Рис.2. Paramecium caudatum
| Запрос | "Paramecium caudatum"[Organism] AND ("Complete genome"[Title] OR "Complete sequence"[Title]) AND "Mitochondrion"[Title] AND "RefSeq"[Keyword] |
| Число находок | 1 |
| АС выбранной записи | NC_014262.1 |
| Число п. н. в митохондриальном геноме | 43660 |
| Название | Инфузория-туфелька (лат. Paramecium caudatum) |
Табл.4. Таблица митохондриальных генов Ciliaphora
© Макиевская Кьяра, 2018