BLASTP

Результаты поиска гипотетических гомологов белка OBG_BACSU.

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка
Accession	P20964.1	1LNZ_A	NP_390670.1
E-value	0.0	2e-175	0.0
Вес (в битах)	864	611	864
Процент идентичности	100	97	100
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10)	682	7	4295
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	1213	38	9434
Accession	A4J3P1.1	3GEE_A	ZP_01068225.1
E-value	0.98	0.63	0.99
Вес (в битах)	35	31.6	39.7
% идентичности	30	25	27
% сходства	44	43	45
Длина выравнивания	179	174	171
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	161-335; 6-169	163-330; 238-398	161-321; 6-156
Число гэпов	19	19	30

Комментарии:
белок удалось найти в базах данных, также нашлась его структура
данное отличие связано с размерами бд: nr>sw>pdb

SW-Prot 1498 находок всего: самое большое значение 9.9. PDB 51 находка, с наибольшим значением значением 9.8. nr более 20000 находок максимальное значение неизвестно. Ограничение было по числу находок на выдаче.
Результаты поиска гипотетических гомологов белка OBG_BACSU.

Номер находки в списке описаний 1

Accession B1X580.1

E-value 5e-68

Вес (в битах) 257

% идентичности 46

% сходства 65

Длина выравнивания 329

Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 2-328
3-327

Число гэпов 6

Систематическое положение организма: Eukaryota; Rhizaria; Cercozoa; Silicofilosea; Euglyphida; Paulinellidae; Paulinella.

Сравнение разных выравниваний.

Выравнивание из needle

########################################
# Program: needle
# Rundate: Sat 26 Mar 2011 20:02:51
# Commandline: needle
#    [-asequence] sw:P20964
#    [-bsequence] sw:Q39QR4
#    [-outfile] alignment.needle
#    -auto
# Align_format: srspair
# Report_file: alignment.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: OBG_BACSU
# 2: OBG_GEOMG
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 433
# Identity:     185/433 (42.7%)
# Similarity:   253/433 (58.4%)
# Gaps:         100/433 (23.1%)
# Score: 973.0
# 
#
#=======================================

OBG_BACSU          1 -MFVDQVKVYVKGGDGGNGMVAFRREKYVPKGGPAGGDGGKGGDVVFEVD     49
                      .|:|:||::|:.|.||.|.|:|||||::|.|||.||||||||||:|.||
OBG_GEOMG          1 MQFIDEVKIHVQSGHGGAGCVSFRREKFIPFGGPDGGDGGKGGDVIFTVD     50

OBG_BACSU         50 EGLRTLMDFRYKKHFKAIRGEHGMSKNQHGRNADDMVIKVPPGTVVTDDD     99
                     ..|.||||.||:.|.||.||::||.|::||.|.||:.|.|||||:|.|.:
OBG_GEOMG         51 PNLSTLMDLRYRPHLKAGRGKNGMGKDRHGANGDDLTIPVPPGTIVKDAE    100

OBG_BACSU        100 TKQVIADLTEHGQRAVIARGGRGGRGNSRFATPANPAPQLSENGEPGKER    149
                     |.:::|||||.||..|:.:|||||:||:||.|..|.||:.::.||..:||
OBG_GEOMG        101 TGEILADLTEPGQTVVLLKGGRGGQGNARFTTSTNRAPKFAQPGEDEEER    150

OBG_BACSU        150 YIVLELKVLADVGLVGFPSVGKSTLLSVVSSAKPKIADYHFTTLVPNLGM    199
                     ::.||||::|||||:|||:||||:.::.||:|:||||||.|||:.||||:
OBG_GEOMG        151 WLRLELKLMADVGLLGFPNVGKSSFITKVSAARPKIADYPFTTIKPNLGV    200

OBG_BACSU        200 VETDDGRSFVMADLPGLIEGAHQGVGLGHQFLRHIERTRVIVHVIDMSGL    249
                     |...:.||||:||:||:||||.:|.||||:||:|:|||.:::|:||:|.:
OBG_GEOMG        201 VSYKNYRSFVVADIPGIIEGASEGAGLGHRFLKHVERTNILLHLIDLSWI    250

OBG_BACSU        250 EGRDPYDDYLTINQELSEYNLRLTERPQIIVANKMDMPEAAENLEA----    295
                     ..|||..:|.|:|:||:.::..|..:.||.|.||:|:|...|||.:    
OBG_GEOMG        251 PDRDPIREYETLNRELALFSPELAGKEQIAVINKIDLPVVRENLPSVIDW    300

OBG_BACSU        296 FKEKLTDDYPVFPISAVTREGLRELLFEVANQLENTPEFPLYDEEELTQN    345
                     |||:   ...||||||.|.||:..||.|:|..|....      |||.   
OBG_GEOMG        301 FKER---GIAVFPISAATGEGIPTLLDEIARHLWGQA------EEEW---    338

OBG_BACSU        346 RVMYTMENEEVPFNITRDPDGVFVLSGDSLERLFKMTDFSRDESVKRFAR    395
                                                                       
OBG_GEOMG        338 --------------------------------------------------    338

OBG_BACSU        396 QMRGMGVDEALRERGAKDGDIIRLLEFEFEFID    428
                                                      
OBG_GEOMG        338 ---------------------------------    338


#---------------------------------------
#---------------------------------------

Выравнивание из water

########################################
# Program: water
# Rundate: Sat 26 Mar 2011 20:04:28
# Commandline: water
#    [-asequence] sw:P20964
#    [-bsequence] sw:Q39QR4
#    [-outfile] alignment.water
#    -auto
# Align_format: srspair
# Report_file: alignment.water
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: OBG_BACSU
# 2: OBG_GEOMG
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 331
# Identity:     182/331 (55.0%)
# Similarity:   250/331 (75.5%)
# Gaps:           7/331 ( 2.1%)
# Score: 977.5
# 
#
#=======================================

OBG_BACSU          2 FVDQVKVYVKGGDGGNGMVAFRREKYVPKGGPAGGDGGKGGDVVFEVDEG     51
                     |:|:||::|:.|.||.|.|:|||||::|.|||.||||||||||:|.||..
OBG_GEOMG          3 FIDEVKIHVQSGHGGAGCVSFRREKFIPFGGPDGGDGGKGGDVIFTVDPN     52

OBG_BACSU         52 LRTLMDFRYKKHFKAIRGEHGMSKNQHGRNADDMVIKVPPGTVVTDDDTK    101
                     |.||||.||:.|.||.||::||.|::||.|.||:.|.|||||:|.|.:|.
OBG_GEOMG         53 LSTLMDLRYRPHLKAGRGKNGMGKDRHGANGDDLTIPVPPGTIVKDAETG    102

OBG_BACSU        102 QVIADLTEHGQRAVIARGGRGGRGNSRFATPANPAPQLSENGEPGKERYI    151
                     :::|||||.||..|:.:|||||:||:||.|..|.||:.::.||..:||::
OBG_GEOMG        103 EILADLTEPGQTVVLLKGGRGGQGNARFTTSTNRAPKFAQPGEDEEERWL    152

OBG_BACSU        152 VLELKVLADVGLVGFPSVGKSTLLSVVSSAKPKIADYHFTTLVPNLGMVE    201
                     .||||::|||||:|||:||||:.::.||:|:||||||.|||:.||||:|.
OBG_GEOMG        153 RLELKLMADVGLLGFPNVGKSSFITKVSAARPKIADYPFTTIKPNLGVVS    202

OBG_BACSU        202 TDDGRSFVMADLPGLIEGAHQGVGLGHQFLRHIERTRVIVHVIDMSGLEG    251
                     ..:.||||:||:||:||||.:|.||||:||:|:|||.:::|:||:|.:..
OBG_GEOMG        203 YKNYRSFVVADIPGIIEGASEGAGLGHRFLKHVERTNILLHLIDLSWIPD    252

OBG_BACSU        252 RDPYDDYLTINQELSEYNLRLTERPQIIVANKMDMPEAAENLEA----FK    297
                     |||..:|.|:|:||:.::..|..:.||.|.||:|:|...|||.:    ||
OBG_GEOMG        253 RDPIREYETLNRELALFSPELAGKEQIAVINKIDLPVVRENLPSVIDWFK    302

OBG_BACSU        298 EKLTDDYPVFPISAVTREGLRELLFEVANQL    328
                     |:   ...||||||.|.||:..||.|:|..|
OBG_GEOMG        303 ER---GIAVFPISAATGEGIPTLLDEIARHL    330


#---------------------------------------
#---------------------------------------

Выравнивание из blastp

>ref|YP_386135.1|  GTPase ObgE [Geobacter metallireducens GS-15]
 sp|Q39QR4.1|OBG_GEOMG  RecName: Full=GTPase obg; AltName: Full=GTP-binding protein obg
 gb|ABB33410.1|  GTP-binding protein, GTP1/OBG family [Geobacter metallireducens 
GS-15]
Length=338

 GENE ID: 3741107 obgE | GTPase ObgE [Geobacter metallireducens GS-15]

 Score =  346 bits (888),  Expect = 6e-100, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 183/336 (54%), Positives = 251/336 (75%), Gaps = 7/336 (2%)

Query  2    FVDQVKVYVKGGDGGNGMVAFRREKYVPKGGPAGGDGGKGGDVVFEVDEGLRTLMDFRYK  61
            F+D+VK++V+ G GG G V+FRREK++P GGP GGDGGKGGDV+F VD  L TLMD RY+
Sbjct  3    FIDEVKIHVQSGHGGAGCVSFRREKFIPFGGPDGGDGGKGGDVIFTVDPNLSTLMDLRYR  62

Query  62   KHFKAIRGEHGMSKNQHGRNADDMVIKVPPGTVVTDDDTKQVIADLTEHGQRAVIARGGR  121
             H KA RG++GM K++HG N DD+ I VPPGT+V D +T +++ADLTE GQ  V+ +GGR
Sbjct  63   PHLKAGRGKNGMGKDRHGANGDDLTIPVPPGTIVKDAETGEILADLTEPGQTVVLLKGGR  122

Query  122  GGRGNSRFATPANPAPQLSENGEPGKERYIVLELKVLADVGLVGFPSVGKSTLLSVVSSA  181
            GG+GN+RF T  N AP+ ++ GE  +ER++ LELK++ADVGL+GFP+VGKS+ ++ VS+A
Sbjct  123  GGQGNARFTTSTNRAPKFAQPGEDEEERWLRLELKLMADVGLLGFPNVGKSSFITKVSAA  182

Query  182  KPKIADYHFTTLVPNLGMVETDDGRSFVMADLPGLIEGAHQGVGLGHQFLRHIERTRVIV  241
            +PKIADY FTT+ PNLG+V   + RSFV+AD+PG+IEGA +G GLGH+FL+H+ERT +++
Sbjct  183  RPKIADYPFTTIKPNLGVVSYKNYRSFVVADIPGIIEGASEGAGLGHRFLKHVERTNILL  242

Query  242  HVIDMSGLEGRDPYDDYLTINQELSEYNLRLTERPQIIVANKMDMPEAAENL----EAFK  297
            H+ID+S +  RDP  +Y T+N+EL+ ++  L  + QI V NK+D+P   ENL    + FK
Sbjct  243  HLIDLSWIPDRDPIREYETLNRELALFSPELAGKEQIAVINKIDLPVVRENLPSVIDWFK  302

Query  298  EKLTDDYPVFPISAVTREGLRELLFEVANQLENTPE  333
            E+      VFPISA T EG+  LL E+A  L    E
Sbjct  303  ER---GIAVFPISAATGEGIPTLLDEIARHLWGQAE  335

	needle	water	blastp
Вес	973	977,5	888
Длина	433	331	338
Координаты	1-428 1-338	2-328 3-330	2-333 3-335
идентичность	42,7%	55%	54%
сходство	58,4%	75,5%	75%

Частичные выранивания похожи по координатам начала выравнивания и самому содержанию, но выравнивание water длиннее на 5 остатков. Изчезновение этого "хвоста" привело к уменьшению значений идентичности и сходства.

Номер находки в списке описаний	1
Accession	B1X580.1
E-value	5e-68
Вес (в битах)	257
% идентичности	46
% сходства	65
Длина выравнивания	329
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	2-328 3-327
Число гэпов	6