Создание паттернов аминокислотных последовательностей.
Граница паттерна выделена красным цветом.
Результаты поиска по паттернам.
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | GPAGGDGGKGGDVV | 5 | ни один белок не найден |
| Сильный | [GI][PGI][APS][GDNP][GK][DGP][GDNQ][GT][KGT]X[GN][DGS]X[VIK] | 577 | найдены все |
| Слабый | [PGI] A X G [DGP] {AILV} [GT] | 988 | найдены все |
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке OBG_BACSU.
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| Например, | ||||||
| PS00905 | GTP1_OBG | GTP1/OBG family signature | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | sequence elements characteristic of GTP-binding proteins | 1 |
© Nikolay Kondratev