Визуализация молекул в JMol

JMol апплет

Formate-tetrahydrofolate ligase, чья структура представлена на странице, является одним из ферментов, участвующих в межмолекулярном переносе одноуглеродных врагментов, одном из важнейших элементов различных биосинтетических путей. подробнее с ней вы можете ознакомиться здесь.

Скачать скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (nm)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(361ALA)-O(358GLU)	0.347	119.6
2	N(365LYS)-O(361ALA)	0.333	131.7
3	N(362ASN)-O(359GLY)	0.291	141. 6
Бета-тяжи
1	N(60ILE)-O(298VAL)	0.278	170.3
2	N(299VAL)-O(93MET)	0.299	158.2
3	N(94VAL)-O(267PRO)	0.354	145.7

Обсуждение таблицы о параметрах водородных связей

Исходя из данных, полученных нами в JMol и занесённых в представленную таблицу, можно отметить, что длины водородных связей в альфа-спиралях и бета-тяжах практически одинаковы и имеют среднюю длину порядка 300 nm. При этом максимальная длина связи - 0.354 nm. То есть большинство из представленных связей выходят за рамки сильного и среднего электростатического взаимодействия.

Также хочется отметить корреляцию между углом связи и её длиной. Действительно, чем короче связь, тем больше угол N-O-C. Это можно связать с взаимным отталкиванием между азотом и углеродом.