A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Создание структур ДНК с необходимой последовательностью

На первой стадии было нужно создать три PDB файла со структурами A-, B- и Z-форм ДНК с заданной последовательностью. Здесь приложен архив с ними.

Сравнение структур 3-х форм ДНК

Далее было необходимо оценить, какие атомы тиминов смотрят в сторону малой бороздки, а какие в сторону большой. Для этого я использовал средства JMol. На рисунке ниже представлена структура основания, на которой красным цветом обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в сторону малой. Хочется отметить, что атомы, окрашеные в чёрный цвет, не смотрят, очевидно, в сторону бороздок. Для A-формы ДНК окраска точно такая же, а в Z-форма моё основание не встречается.

Далее представлена таблица, содержащая сравнительную характеристику данных молекул ДНК.

	A-ДНК	B-ДНК B	Z-ДНК Z
Тип	Право	Право	Лево
Шаг	28 A	33,8 A	43,5
bp/виток	11	10	12
Ширина бол. бороздки	8 A (29:B,P - 6:A,P)	17,2 A (30:B,P - 8:A,P)	9,9 A (11:A,P - 34:B,P)
Ширина мал. бороздки	16,8 A (29:B,P - 14:A,P)	11,7 A (29:B,P - 16:A,P)	18,3 A (11:A,P - 28:B,P)

Определение параметров структур нуклеиновых кислот

Определение торсионных углов

Для начала дам рисунок, показывающий расположение этих углов (рисунок взят с сайта kodomo.fbb.msu.ru .