EMBOSS

Пояснение

Низе приведён список всех необходимых команд. После него имеется ссылка на папку с файлами, где выходные файлы для каждого задания называются out_<номер задания>.<формат вывода> , если в задании не подразумевается иного.

Команды:

1. seqret @list_1.txt out_1.fasta
2. seqretsplit coding1.fasta -auto <на выходе список последовательностей в каталоге to_split>
3. seqret @list_3.txt out_3.fasta
4. transeq coding1.fasta out_4.fasta -table 0
5. transeq coding1.fasta out_5.fasta -frame 6
6. seqret fasta::alignment.fasta msf::out_6.msf
7. infoalign alignment.fasta -refseq 2 -outfile stdout -only -name -idcount <выход в стандартный поток вывода>
8. featcopy chromosome_3.gb -outfeat out_8.gff
9. extractfeat chromosome_3.gb -type cds -describe product out_9.fasta
10. shuffleseq coding.fasta out_10.fasta
11. :(
12. :(
13. cusp coding.fasta out_13.tb
14. compseq -word 2 -calcfreq hs_ref_GRCh38.p7_chr22.fa out_14.txt
15. tranalign -aseq gene_sequences.fasta -bseq protein_alignment.fasta -outseq out_15.fasta
16. edialign out_19.fasta -outseq out_16.fasta -outfile out_16.ea
17. degapseq alignment.fasta out_17.fasta
18. noreturn in_18.txt out_18.txt
19. makenucseq -amount 3 -length 100 -outseq out_19.fasta
20. seqret sra_data.fastq fasta::sra_data.fasta <на выходе тот же файл, но в другом формате

А вот и ссылка на папку с файлами.