Трансмембранные белки.

Разбор информации из OPM

Мой белок - формат-тетрагидрофоллат лигаза ALX07041.1. Она имеет COG ID: COG2759. Точность отнесения велика, так как E-value составляет 0e+00. COG обнаруживается в интервале от 3 до 556 аминокислоты. Всего в белке 556 аминокислот. COG относится к категории F - Nucleotide transport and metabolism и называется Formyltetrahydrofolate synthetase. Категория в переводе - Нуклеотидный транспорт и метаболизм. Название - Формилтетрагидрофолат синтаза.

PDB код	Откуда	Тип	Число трансмембранных участков в цепи	Число остатков в одном трансмембранном участке	(*) Толщина мембранной части в ангстремах
3a7k	мембрана археи	a-спираль	7	20	33,8 A
3fid	внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий	b-баррел	14	9	25,6

Рис.1: Белок 3a7k

Рис.2: Белок 3fid

Рис.3: Предсказание с помощью Phobius (подписи оригинальные)

Рис.4: Предсказание с помощью TMHMM (подписи оригинальные)

3.E.1.2.2 3: Первичные активные транспортеры 3.E: Транспортеры с поглощением света 3.E.1: Ион-транслокационные микробные родопсины (MR)