Сигналы, мотивы, PWM

Лаконичный отчёт.

Полное название штамма бактерии: Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440), было найдено 10 Reviewed записей

Таблица 1: Выбранные белки

Entry	Entry name	Protein names	Gene names
Q88MW1	PURT_PSEPK	Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT PP_1457
Q88P16	PUR4_PSEPK	Phosphoribosylformylglycinamidine synthase	purL PP_1037
Q88DD8	PURA_PSEPK	Adenylosuccinate synthetase	purA PP_4889
Q88LI7	FOLD1_PSEPK	Bifunctional protein FolD 1	folD1 folD-1 PP_1945
Q88KM5	FOLD2_PSEPK	Bifunctional protein FolD 2	folD2 folD-2 PP_2265
Q88DK2	PUR2_PSEPK	Phosphoribosylamine--glycine ligase	purD PP_4823
Q88P21	GUAA_PSEPK	GMP synthase	guaA PP_1032
Q88DK3	PUR9_PSEPK	Bifunctional purine biosynthesis protein PurH	purH PP_4822
Q88MA9	PUR5_PSEPK	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	purM PP_1665
Q88NG9	PUR7_PSEPK	Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase	purC PP_1240

AC записи: AE015451.2

Таблица 2: Координаты генов

Gene names	Chain	Start	End
purT PP_1457		1661873	1662266
purL PP_1037		1184796	1186095
purA PP_4889	c	5558390	5557960
folD1 folD-1 PP_1945		2200427	2200718
folD2 folD-2 PP_2265	c	2584924	2584640
purD PP_4823		5485241	5485672
guaA PP_1032		1177118	1177643
purH PP_4822		5483487	5484022
purM PP_1665	c	1861288	1860936
purC PP_1240		1417542	1417778

Ссылка на вырезанные регионы

Ссылка на отчёт meme

Хочется сказать, что достоверных мотивов найдено не было. У всех находок были E-value больше 1. Первые две находки обладают Logo без видимых закономерностей, однако, найдены во всех upstream-фрагментах. Третья находка однозначно опреелена, но при этом найдена в двух фрагментах, что не позволяет говорить о её достоверности.