Мотивы в белках. PSSM и паттерны. PSI-BLAST. Банк Prosite.

PSI-BLAST.

Мною был выбран AC Q67XL4. В NCBI указано, что данный идентификатор соответствует РНК-связывающемуся белку CRS1, принадлежащему организму вида Arabidopsis thaliana.

По данному белку был произведен поиск в базе данных NR BLAST. В качестве порога было установлено E-value = 0.0001

Итерация	Количество	Худший ID	E-value	Лучший ID	E-value
1	1933	XP_008648232.1	9·10-5	EMS68471.1	1·10-4
2	2726	WP_094598663.1	1·10-4	XP_018719681.1	1·10-4
3	3127	WP_055107333.1	7·10-5	WP_062104616.1	1·10-4
4	9004	KMZ11791.1	1·10-4	WP_048414212.1	1·10-4
5	11228	WP_076146176.1	1·10-4	ACS33696.1	1·10-4

Prosite.

В белке, который я взял (16S рРНК-метилтрансфераза H) не было найдено больших достоверных участков, в связи с чем было решено взять маленький (6амк) - N-myristoylation site (второй найденный паттерн - Casein kinase II phosphorylation site: [ST]-x(2)-[DE]). При этом в каждой последовательности нашлось до трёх таких паттернов, из которых лишь два (так как встречались чаще всего и обладали схожими структурами) было решено использовать для поиска паттерна для протеобактерий. Он получился таким: G-[LMQI]-[SP]-[AVML]-[ASETR]-[EQ].

TP -164; FP - 4671; FN - 281.