Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

Общие сведения о метаболическом пути биосинтеза лизина.

Мной были использованны белки, находившиеся по запросу "database:(type:pfam id:PF00512) taxonomy:"Alphaproteobacteria [28211]" AND reviewed:yes", то есть белки, включающие в себя домен HisKA и принадлежащие альфапротеобактериям.

Мною были получено выравнивание белков, которое было в дальнейшем использовано для создания HMM профиля.

Далее представленны диаграммы, отражающие процесс поиска порога. Все данные, которые использовались в работе, представленны в этом файле.

Рис.1: Гистограмма весов

Рис.2: ROC кривая

наиболее подходящим оказался порог Score = 100, он соответствовал параметрам:

Специфичность: 1;

Чувствительность: 0,87;

Precision: 1;

Порог, как понятно из значений, выдавал только верно предсказанные белки. Так что он точно может использоваться для поиска домена PF00512 в альфапротеобактериях нашим профилем, так как даёт максимально большие показатели.

Таб.1: Параметры порога 100