Практикум 1

Визуализация молекулы в JMOL

В приведённом окне изображена молекула белка эдтотиопепсин организма Cryphonectria parasitica.
Скачать скрипт
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1. N(311LYS)-o(307ASP) 2,86 150,6
2. N(113PHE)-O(116SER) 2,98 130,6
3. N(148ALA)-O(144PHE) 2,95 153,1
Бета-тяжи
1. N(108SER)-O(88ASP) 2,81 154
2. N(85SER)-O(77ILE) 3,15 154,4
3. N(87GLY)-O(75TRP) 3,05 142,8

Собрав данные о длинах водородных связей и их углах, проанализируем полученные значения и посчитаем их средние.
Среднее значение длины - 3, средний угол - 140.5. Полученные величины не противоречат допустимому диапозону расстояний между N и О (2.5-4).
Так же полностью совпадают средние значения длин водородных связей альфа-спиралей и бета-листов.

На основную страницу

Полезные ссылки

Ссылка на информацию о длине водродных связей