Практикум 10

При выполнении практикума 10 были проведены парные выравнивания последовательности белка с имитирующими мутации последовательностями этого же белка.

Что было сделано

Получение гена. Команда seqret sequence.fasta CDS.fasta, где sequence.fasta назван файл с полным геномом.
Мутации вносились вручную в редакторе FAR, где очень удобно считать строки и колонки.
Трансляция. transeq mutatedCDS-().fasta translated-().fasta
Построение выравнивания. needle -aform msf Q2S289.fasta -gapo 10.0 -gape 0.5 -bseq translated-().fasta -out alignment-().fasta

Визуализация мутаций в выравниваниях была выполнена с использованием программы JalView.

Вывод

В итоге была получена таблица с описанием мутаций, а также несколько картинок, показывающих различия между белками.
Результат можно получить по ссылке. В результате некоторых мутаций ничего не происходило (синонимичные замены). Как правило, это случалось после замены третьего нуклеотида кодона.
Также в случае замены одного нуклеотида мог происходить миссенс и иногда нонсенс (когда появлялся или исчезал стоп-кодон).
Делеция или инсерция с нарушением рамок считывания (число нуклеотидов не кратно трём) всегда приводила к нонсенс-мутации.