Сначала узнали число последовательностей, записанное в каждом файле - 4391 у Escherichia coli и 3220 у Desulfovibrio alaskensis.
Далее при помощи программы wordcount посчитали число аминокислотных остатков в протеоме и привели результаты в таблице 1 (Escherichia coli (strain K12)) и таблице 2 (Desulfovibrio alaskensis (strain G20)).
Данные из текстовых файлов были переведены в вид html-таблиц при помощи сайта Text to HTML Table Converter.Аминокислота | Количество аминокислот |
L | 144596 |
A | 128736 |
G | 99732 |
V | 95744 |
I | 81430 |
S | 78567 |
E | 78008 |
R | 74798 |
T | 73056 |
D | 69691 |
Q | 60148 |
P | 59981 |
K | 59699 |
N | 53363 |
F | 52740 |
Y | 38538 |
M | 38288 |
H | 30739 |
W | 20745 |
C | 15752 |
U | 3 |
Общее число аминокислот | 1354354 |
Аминокислота | Количество аминокислот |
A | 116599 |
L | 110669 |
G | 85907 |
V | 80087 |
R | 74070 |
E | 65578 |
S | 58710 |
D | 57509 |
T | 56765 |
I | 51463 |
P | 51450 |
F | 40383 |
K | 39712 |
Q | 38697 |
M | 30934 |
N | 30000 |
Y | 27675 |
H | 25076 |
C | 15520 |
W | 12611 |
U | 3 |
Общее число аминокислот | 1069418 |
Остаток | Процент у E. coli | Процент у D. alaskensis | Разность процентов |
L | 10,68% | 10,35% | 0,33% |
A | 9,51% | 10,90% | -1,40% |
G | 7,36% | 8,03% | -0,67% |
V | 7,07% | 7,49% | -0,42% |
I | 6,01% | 4,81% | 1,20% |
S | 5,80% | 5,49% | 0,31% |
E | 5,76% | 6,13% | -0,37% |
R | 5,52% | 6,93% | -1,40% |
T | 5,39% | 5,31% | 0,09% |
D | 5,15% | 5,38% | -0,23% |
Q | 4,44% | 3,62% | 0,82% |
P | 4,43% | 4,81% | -0,38% |
K | 4,41% | 3,71% | 0,69% |
N | 3,94% | 2,81% | 1,13% |
F | 3,89% | 3,78% | 0,12% |
Y | 2,85% | 2,59% | 0,26% |
M | 2,83% | 2,89% | -0,07% |
H | 2,27% | 2,34% | -0,08% |
W | 1,53% | 1,18% | 0,35% |
C | 1,16% | 1,45% | -0,29% |
U | 0,00% | 0,00% | 0,00% |
Наиболее часто встречающимися остатками у бактерий стали А (alanine) и L (leucine). Реже всего встречаются W (триптофан), Н (гистидин) и С (цистеин).
Если посмотреть разницу процентов, то можно увидеть, что у D. alaskensis аланин и аргинин встречаются намного чаще, чем у E. coli (на 1,40%).
У E. coli I (изолейцин) встречается намного чаще, чем у D. alaskensis(на 1,20%).
Количество остатков у E. coli оказалось больше, чем у D. alaskensis, однако их сравнение все-таки оказалось возможным.