Практикум 14. Сборка de novo

Задание 1. Команды, используемые в данном практикуме

Таблица 1. Команды, используемые в данном практикуме
Команда Что делает
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240361.fastq trimSRR.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7 Удаление адаптеров, которые могли бы быть в прочтении
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 trimSRR.fastq finaltrimSRR.fastq TRAILING:20 MINLEN:32 Удаление плохих букв с концов чтений, остаются только чтения длиной не менее 32
velveth velveth31 31 -fastq -short finaltrimSRR.fastq Подготовление k-меров длины k=31. -short: короткие непарные чтения.velveth31: название выходной директории.
velvetg velveth31 Используя файлы директории velveth31, полученной предыдущей командой, происходит сборка k-меров.

Задание 2. Подготовка чтений программой trimmomatic

Удаление адаптеров.

По завершению работы trimmomatic для обрезания адаптеров была получена следующая информация:
Input Reads: 7272621 Surviving: 7238089 (99,53%) Dropped: 34532 (0,47%). Т.е 0,47% последовательностей ридов оказались адаптерами.

Чистка чтений.

С концов чтений были удалены нуклеотиды с качеством ниже 20 и остались только чтения длиной не меньше 32 нуклеотидов. trimmomatic рассказала, что:
Input Reads: 7238089 Surviving: 6834335 (94,42%) Dropped: 403754 (5,58%).
Название файла Размер файла, мб
SRR4240361.fastq (исходные риды) 734
trimSRR.fastq (очищенные от адаптеров) 730
finaltrimSRR.fastq 686

Задание 3. Сборка

Выдача velvetg: "Final graph has 477 nodes and n50 of 25683, max 49238, total 668931, using 0/6834335 reads"

Контиг Длина Покрытие
6 49238 26.660851
2 45555 26.450466
34 43866 23.514977

Задание 4. Анализ

Было произведено выравнивание трех самых длинных контигов и хромосомы Buchnera aphidicola с помощью megablast.
Были получены карты локального сходства и проанализированы выравнивания.

Контиг 6:

мое фото 
Range: 127825 to 140555
Score	        Expect	Identities	Gaps	        Strand
5465 bits(2959)	0.0	9751/13010(75%)	548/13010(4%)	Plus/Plus

Выравнивание не очень хорошее, имеется 548 гэпов и 2711 полиморфизмов, причём выровнен не весь контиг, а его 80%.

Контиг 2:

мое фото 
Range: 467412 to 474667
Score    	Expect	Identities	Gaps	        Strand
4047 bits(2191)	0.0	5691/7389(77%)	208/7389(2%)	Plus/Minus

Контиг 34:

мое фото 
Range: 266073 to 275551
Score	        Expect	Identities	Gaps	        Strand
6154 bits(3332)	0.0	7611/9660(79%)	361/9660(3%)	Plus/Plus

Как видно, все выравнивания довольно плохие. Контиг 2, в отличие от двух других, вообще лёг на обратную цепь.
Можно предположить, что контиги соответсвуют не Buchnera aphidicola, а какой-нибудь другой бактерии того же рода.