Практикум 11. GO - String

Часть 1. GO Enrichment Analysis

1. Название файла с ID: list30.txt ; количество ID в списке: 13.

2. Количество ID, участвовавших в анализе обогащения: 12 (Unmapped IDs: 1). Скорее всего один ID не был найден из-за несоответствия идентификаторов.

3. В выдаче оказалось 55 GO terms, так как их FDR P < 0.05.

4. 10 наиболее значимых GO terms: GO:0030203,GO:0006022,GO:0006026,GO:0006027,GO:1901136, GO:1901135, GO:0009057, GO:1901565, GO:0006029, GO:1901575.

5. Граф, на котором отмечены 5 самых значимых GO terms (выделены желтым цветом).

мое фото

6. Все узлы графа соединены отношениями одного типа - "Is a".

7. Все ID из списка объединяет участие в метаболических процессах гликозаминогликанов (в часоности приводящих к их расщеплению).

Часть 2. Human Protein Atlas

1. ID: HPSE

2. Гепарансульфат протеогликаны являются основными компонентами базальной мембраны и внеклеточного матрикса. Белок, кодируемый этим геном, является ферментом, который расщепляет гепарансульфат протеогликаны, что повышает проводимость клеток. Кроме того, это расщепление может высвобождать биоактивные молекулы из внеклеточного матрикса.

3. Специфичность данного гена к определенному региону мозга у человека не выявлена. Однако для мыши она присутствует (в обонятельной области).

мое фото

4. В основном локализуется в нуклеоплазме. Кроме того, локализуется в везикулах.

мое фото

5. Данный ген экспрессируется во всех тканях, и я бы предположил, что он является специфичным для крови и костного мозга. Так как данный белок облегчает миграцию клеток, связанную с метастазированием, заживлением ран и воспалением, было бы логично предположить, что больше всего его будет в клетках крови (в моноцитах и нейтрофилах).

Так же можно отметить, что во всех тканях детектируется наличие мРНК, но не детектируется белок.

мое фото

6. На консенсусном датасете видно, что мРНК обнаруживается во всех тканях, но больше всего в клетках крови, клетках костного мозга и эндотелиальных клетках (что, как я понял, связано с одной из функций белка - увеличение адгезии клеток).

мое фото