Отчёт по практикуму 4

Blast-поиск белков, гомологичных CLPX_ECOLI

CLOBA
мое фото
CLOTE
мое фото
LACAC
мое фото
LACDA
мое фото
LACLM
мое фото
STRP1
мое фото
STRPN
мое фото

Реконструкция и визуализация

Дерево белков было реконструировано при помощи программы MEGAX методом Neighbour-joining после построения выравнивания программой Jalview. Дерево в Newick формате.

мое фото

Приведём мнемоники трёх пар ортологов и трёх пар паралогов. Паралоги:

CLPE STRPN & FTSH STRPN
Q1GB74 LACDA & Q1GBN8 LACDA 
A5I7N6 CLOBH & A5I7Q0 CLOBH

Ортологи:

FTSH LACLA & FTSH STRPN
HSLU LACAC & HSLU LACDA
CLPX LACLA & CLPX STRPN

Группы ортологов

мое фото

Два белка для LACAC, CLOTE и CLOBH считаю паралогами и по отдельности ортологичными к группе.

Схлопнутое дерево

мое фото

В группу CLPE вошли Q1GB74-LACDA, Q5FLA7-LACAC, Q5FHW6-LACAC, CLPE: LACLA и STRPN. CLPE - АТФ-связывающие субъединицы ClpE протеазы Clp. Дерево последовательности этого белка совпало с деревом для вошедших в него 4 бактерий.

В группу CLPX вошли белки из 6 бактерий, нет только бaктерии STRP1. CLPX - АТФ-связывающие субъединицы ClpX протеазы Clp. Дерево последовательности этого белка совпало с деревом для вошедших в него 6 бактерий.

В группe FTSH белки из всех семи бактерий. FTSH — цинковая металлопротеаза. Дерево последовательности этого белка совпало с деревом для вошедших в него 7 бактерий.