Паттерны и банк ProSite

Назад
Главная страница

  1. Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
    Фрагмент последовательности I-I-Y-F-L-C-T-G-N-S-C-R-S-Q 4 Логично, что нет
    Сильный [IDKRNT]-I-[YILT]-[FV]-[LV]-C-[TVI]-G-N-[STI]-C-R-S-[QP] 37 да
    Слабый I-[YILT]-[FV]-[LIV]-C-[TVIL]-G-N-[STIL]-C-R-S 57 да

  2. Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
    PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site Паттерн [ST]-X-[RK] нет 2
    PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site Паттерн G-{EDRKHPFYW}-X(2)-[STAGCN]-{P} нет 2
    PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site Паттерн N-{P}-[ST]-{P} нет 1
    PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site Паттерн [ST]-X(2)-[DE] нет 1

© Свистунова Даша