| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 12 | 7 | 19 |
| остатками фосфорной кислоты | 19 | 5 | 24 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 7 | 5 | 12 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 3 | 4 | 7 |
Схема контактов между ДНК и белком: полученная с помощью программы nucplot:
На мой взгляд, наибольшую роль в связывании играют Lys197 и Met194. Так же можно предположить, что за связывание ДНК отвечают аминокислотные остатки в районе 170-180 номеров, так как они имеют большинство связей с ДНК.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 2-7 и 66-71 | - | 5-10 и 67-72 |
| D-стебель | 10-13 и 22-25 | - | 10-13 и 22-25 |
| T-стебель | 49-53 и 61-65 | 49-53 и 61-65 | 49-53 и 61-65 |
| Антикодоновый стебель | 38-44 и 26-32 | 39-48 и 22-31 | 39-43 и 27-32 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 13 | 20 |
Программа einverted определила только 2 стебля, T и антикодоновый, а алгоритмлом Зукера были найдены все 4 стебля, только антикодоновый несколько отличается от результатов find_pair.
