Алгоритмы реконструкции филогении.
Программой retree было укоренено дерево, полученное методом NJ. Укоренение произошло так: {FINM2,CLOB1,CLOTE} против остальных. Это соответствует исходному дереву.
Дерево, построенное методом UPGMA, нет смысла укоренять - оно уже укоренено. Укоренить дерево, построенное программой fprotpars, не получится, так как эта программа не выдает длины ветвей.
Это дерево, построенное с использование внешней группы. Оно ничем не отличается от предыдущего, разве что наличием внешней группы)
Укоренение произошло так: {FINM2} против всех остальных видов.
Дерево, постороенное по принципу extended majority rule
В данном дереве имеются общие ветви с правильным деревом:
{BACAN,BACSU} против {FINM2,LACAC,ENTFA,GEOKA,CLOTE,CLOB1}
{BACAN,BACSU,GEOKA} против {FINM2,LACAC,ENTFA,CLOTE,CLOB1}
{CLOTE,CLOB1} против {FINM2,LACAC,ENTFA,GEOKA,BACAN,BACSU}
{CLOTE,CLOB1,FINM2} против {LACAC,ENTFA,GEOKA,BACAN,BACSU}
По сравнению с деревом, построенным fprotpars, практически ничего не изменилось.
©