Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям.

Дерево имеет общие ветви с изначальным деревом, но не соответствует ему. Совпадают ветви {CLOTE,CLOBE1,FINM2} против {GEOKA,BACSU,BACAN,ENTFA,LACAC}; {LACAC,ENTFA} против {BACAN,BACSU,GEOKA,CLOTE,CLOBE1,FINM2} Дерево, посторенное методом NJ и укорененное retree полностью соответствует изначальному.



Другое дерево я построила методом NJ, используя программы fdnadist и fneighbor. дерево
В этом дереве не все ветви соответствуют исходному дереву - например, здесь нет ветви {LACAC,ENTFA} против {FINM2,CLOTE,CLOB1,GEOKA,BACAN,BACSU}. Таким образом, в моем случае построение дерева методом NJ по белкам правильнее, чем построенное по рРНК.

Дерево гомологов белка CLPX_BACSU.

Паралоги - HSLU_BACAN и CLPX_BACAN; CLPX_GEOKA и HSLU_GEOKA
Ортологи - HSLU_ENTFA и HSLU_LACAC; CLPX_BACAN и CLPX_GEOKA




Дополнительное задание.
БактерияAC полного геномакоординаты FTкоманда EMBOSS
Bacillus anthracisAE017225, AE017334, AE016879 [AE017024-AE017041] (для разных штаммов)seqret embl:AE017225[9336:10845] stdout >>nucl.fasta
Bacillus subtilisAL009126 [Z99104 - Z99124]9810..11364аналогично
Clostridium botulinumFR773526.110969..13870аналогично
Clostridium tetaniAE015927 [AE015936 - AE015945]complement(41801..43309)аналогично
Enterococcus faecalisAE016830 [AE016947-AE016957]complement(374851..376399)аналогично
Finegoldia magnaCM000955.1197837..199361аналогично
Geobacillus kaustophilusBA00004310421..11973аналогично
Lactobacillus acidophilusCP00003310421..11973аналогично

Выравнивание 16S RNA
Для создания дерева я пользовалась программой fdnapars.
©