| PDB код | Число цепей | Тип
(спираль, баррель) |
Число трансмембранных участков в цепи | Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) |
(*) Толщина мембраны в ангстремах
(расстояние между атомами на границах трансмембранных участков |
| 6prn | 1 | баррель | 16 | среднее - 10 max=16 min=6 |
|
| 1t1l | 2 | баррель | 14 в каждой цепи | ||
| 2a9h | 5 | альфа-спираль | 8, по 2 в цепях A, B, C, D | 22 либо 23 | |
| 3M9C | 4 | альфа-спираль | 15, 14, 11, 15 |
Среди альфа-спиральных белков наблюдается большое разнообразие структур, тогда как у баррелей отличия лишь в количестве тяжей, образующих поры, и количестве самих пор.
Сервис TMHMM предсказывает, что данный белок - трансмембранный, и выделяет в нем 6 трансмембранных участков.
Сравнение последовательности моего белка и его гомолога (3H90) показало, что их участки, являющиеся трансмембранными очень похожи. Так что напрашивается вывод, что мой белок тоже трансмембранный.
Выравнивание в формате .msf
Зеленые - трансмембранные участки, розовые - внутренние, оранжевые - наружные.
| Число а.к. остатков | |
| Всего а.к. остатков в последовательности | 300 |
| Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) | 133 |
| Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) | 125 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) | 9 |
| Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) | 158 |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) | 6 |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0,95 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 0,946 |
| Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 0,932 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0,067 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,036 |
Чувствительность 95%, на мой взгляд, - относительно хорошая. Правда точно 93% процента, то есть нам предсказывается 7% неправильных остатков, но, с другой стороны, практически нет ситуаций, когда не предсказывается нужный остаток.