Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Нам дан 1,2-диметоксиэтан.Его SMILES:COCCOC. Мы разбиваем его на 2 мономера, их SMILES: СОС.
Разобьем на 2 мономера. Это диметиловый эфир. Его SMILES:COC.
Расчитаем частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу. Новый SMILES:COCC.
При подсчёте зарядов полезно использовать специальные возможности RED-vIII.4.pl.
Надо добавить в p2n файл mol_red1.p2n вот такую директиву об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы из финального файла:
REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R
Построение записи для остатка:
Изменим файл aminoacids.rtp, добавив в конец запись нашего мономера:

[ EGL ]
 [ atoms ]
    CA    CT           0.02750     1
   HA1    H1           0.05010     2
   HA2    H1           0.05010     3
   HA3    H1           0.05010     4
     O     O          -0.36850     5
    CB    CT           0.13770     6
   HB1    H1           0.02000     7
   HB2    H1           0.02000     8   
   
 [ bonds ]
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA   HA3
    CA     O
     O    CB 
    CB   HB1
    CB   HB2
    CA   +CB

Заряды были взяты отсюда: Mol_m1_o1-sm.mol2.
Теперь сделаем файл формата pdb для 1,2-диметоксиэтана. Получился такой файл.