Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

Построим структура порфирина на основе SMILES с помощью obgen. Результат смотрим в PyMol.

Удалим 2 лишних водорода.

Проведем параметризацию в Mopac с параметрами PM6...

... и AM1.

obgen представляет молекулу в неплоском виде, тогда как Mopac - в плоском.

Возбужденное состояние порфирина.
Из выходного файла получены следующие данные - STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN SYMMETRY POLARIZATION

         ABSOLUTE     RELATIVE                            X       Y       Z

    1+    0.000000    0.000000     1+  SINGLET     ????
    2     1.914906    1.914906     1   TRIPLET     ????
    3     2.267580    2.267580     2   SINGLET     ????
    4     2.465126    2.465126     2   TRIPLET     ????
    5     2.826855    2.826855     3   TRIPLET     ????
    6     3.365473    3.365473     4   TRIPLET     ????
    7     3.392540    3.392540     3   SINGLET     ????  0.2380  0.2024  0.0008
    8     3.669556    3.669556     4   SINGLET     ????  2.0472  2.3783  0.0111
    9     3.872183    3.872183     5   SINGLET     ????  1.8001  1.5323  0.0067
 The "+" symbol indicates the root used. На основе этих энергий надо вычислить длины волн, после чего посчитать среднее их значение. Путем нехитрых вычислений получаем число 441, что лежит в синей области спектра.




Структура без учета отрицательного заряда.


Структура с учетом отрицательного заряда на кислороде.


Наложение двух структур. Видно, что у них несколько отличаются длины связей.






Димер тимина при charge=0




Димер тимина при charge=+2




Уже не димер тимина при charge=0

 TOTAL ENERGY            =      -3253.90834 EV
     TOTAL ENERGY            =      -3273.69661 EV
     TOTAL ENERGY            =      -3273.69673 EV



© Свистунова Даша