Вычисление валентных параметров для молекулярной механики


  • Построение зависимости энергии молекулы от длины одной связи

    Сначала был получен файл et.inp, затем скрипт. В файле bond колонки значений длин связи и энергии.

  • Графики зависимости энергии молекулы от длины одной связи бмли построенны с помощью программы gnuplot

    Зададим функцию f(x)=a+k(x-b)^2 через f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=1, b=1.5.
    Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
    a=-79.7652, k=0.563608, b=1.55432

    Вероятно, зависимость описывается несколько другой функцией, поэтому точки не совпали.

  • Расчеты для валентного угла HCH

    Cкрипт. В файле bond1 колонки значений длин связи и энергии.

    Зададим функцию f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=0,001, b=111
    Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
    a=-79.7647, k=3.56076e-05, b=111.38

    В этом случае функция ближе описывает зависимость.

  • Расчеты для торсионного угла d3

    Cкрипт. В файле bond2 колонки значений длин связи и энергии.

    Количество минимумов - 3. Правый и левый совпадают и еще 2 в середине.


    © Свистунова Даша