Практикум 1.
Для работы с заданиями данного практикума был взят белок ARSC_Bacsu, PDB ID - 1JL3. Файл с данными об электронной плотности был взят с EDS.
На данном рисунке представлена электронная плотность трипептида Leu-Gly-Asp на разных уровнях - 1, 1.5 и 2. Видно, что для атомов‚ находящихся на периферии молекулы белка, значения функции электронной плотности ниже, чем для остальных, и, возможно, эти значения просто хуже определяются.
Разнообразия ради для анализа электронных плотностей отдельных аминокислот мною были выбраны другие остатки цепи - Ile5, Trp32 и Pro94.
В принципе, качество электронных плотностей, представленных в файле для моего белка относительно хорошее и структуры аминокислот хорошо в них ложатся. Однако, электронная плотность, как я заметила, выше у тех атомов, что имеют большую электроотрицательность. Например, на рисунке представлен Trp 32. Видно, что электронная плотность у кольца и электроотрицательных атомов выше, чем у углерода (на картинке представлен уровень электронной плотности 3.3).
© Свистунова Дарья