Визуализация молекулы фосфоглицераткиназы бактерии Coxiella burnetii

Фосфоглицераткиназа - фермент, катализирующий процесс обратимого переноса фосфатной группы с 1,3-дифосфоглицерата на АДФ с получением 3-фосфоглицерата и АТФ. Как и все киназы, ФГК трасфераза. ФГК - фермент, задействованный в гликолизе и гликогенезе.[1]



Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи(Å) Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1 N(172SER)-O(168PRO) 2.72 150.8
2 N(174VAL)-O(170LEU) 2.87 147.1
3 N(178SER)-O(174VAL) 2.89 160.9
Бета-тяжи
1 N(213GLN)-O(188LEU) 3.49 156.1
2 N(215ILE)-O(190ALA) 2.95 154.3
3 N(192VAL)-O(215ILE) 2.72 174.7

Водородная связь — форма ассоциации между электроотрицательным атомом и атомом водорода H, связанным ковалентно с другим электроотрицательным атомом. В качестве электроотрицательных атомов могут выступать N, O или F. Водородные связи могут быть межмолекулярными или внутримолекулярными.[2]
Водородная связь участвует в формировании вторичной структуры белка (альфа-спирали и бета-тяжи). Исходя из результатов, можно заключить, что в среднем длина связи равна 3 Å, а угол между кислородом и азотом равен 160°. Водородная связь чрезвычайно прочна и одновременно энергетически выгоднее ковалентной связи [2].

Скрипт

    Источники:
  1. Wikipedia:https://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoglycerate_kinase#Structure
  2. Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Hydrogen_bonds_in_DNA_and_proteins

Назад

На главную



© Кучеренко Варвара 2015