Женская особь Echinococcus granulosus
Выбранный мной организм, эхинококк Echinococcus granulosus, принадлежит к классу ленточные черви.
Червь является паразитом: заражение личинками приводит к опасному зоонозному гельминтозу под названием эхинококкоз,
при котором человек или травоядное животное выступает в роли промежуточного хозяина. E. granulosus
впервые обнаружен на Аляске, но распространен он повсеместно.
Окончательными хозяевами выступают плотоядные хищники, чаще всего представители семейства псовых
(собаки, лисы, волки, медведи), а также кошачьи (домашние кошки, львы).
Взрослый эхинококк живет в их тонкой кишке и производит яйца, чтобы они выводились из организма вместе с калом.
Промежуточные хозяева заражаются при заглатывании яиц.
Дикие и домашние травоядные животные (крупный рогатый скот, козы, овцы, свиньи, верблюды), а также грызуны являются обычными промежуточными хозяевами.
Люди также могут быть заражены и сыграть роль промежуточного хозяина для эхинококка.[1]
Женская особь Echinococcus granulosus
На сайте NCBI поиск по названию организма дал только одну сборку GCA_000524195.1. Проект по секвенированию всего один (PRJNA182977) с единственным же образцом SAMN01914755 (Sample name: EST of Echinococcus granulosus; SRA: SRS390939). Секвенирование было осуществлено Chinese National Human Genome Center в Шанхае в медицинских целях, результаты были опубликованы 27-ФEB-2013 в работе The genome of the hydatid tapeworm Echinococcus granulosus (Nat Genet, 2013;45(10):1168-1175), что переводится как "Геном гидатидного ленточного червя Echinococcus granulosus".
Таблица характеристик сборки
| Характеристика | Длина (в п.н.) |
| Общая длина последовательности | 110 837 706 |
| Общая длина гэпов сборки | 730 700 |
| Число контигов | 8 264 |
| Contig N50 | 42 483 |
| Самый короткий контиг | 1 003 (APAU02000957) |
| Самый большой контиг | 3 893 204 ( APAU02000001) |
| Contig L50 | 660 |
| Число скаффолдов | 957 |
| Scaffold N50 | 712 683 |
| Общее число хромосом и плазмид | 0 |
| Таблица контигов | ссылка |
| Последовальность одного из контигов на выбор | APAU02000251 |
Главная цель создания Feature table - обеспечить обшиный набор обозначений для описания особенностей структуры и для даньнейшего ее эффективного изменения.
Язык Feature Table олицетворяет собой правила, позволяющие трем базам (GenBank, EMBL, и DDBJ) данных постоянно обмениваться информацией.
Пример: изображенное может читаться как "CDS - кодирующая последовательность, начинающаяся с нуклеотида 23 и заканчивающаяся на 400, имеющая продукт "алкогольдигидрогеназа" и кодируемая геном "adhI""
Десять ключей, используемых в таблицах особенностей |
|
exon |
|
|
Участок генома, кодирующий вырезаемую часть мРНК, рРНК и тРНК; может содержать 5’UTR, CDS и 3’UTR |
tRNA |
|
|
Транспортная РНК |
CDS |
|
|
От coding DNA sequence – участок днк/рнк, состоящий из экзонов, кодирующих белок от старт-кодона до стоп-кодона включительно. |
source |
|
|
Определяет биологический источник участка генетического материала определённой длины; Ключ является обязательным; Разрешено указывать этот ключ более одного раза на одну последовательность; Каждая запись должна иметь как минимум один такой ключ, охватывающий всю последовательность, или несколько ключей, которые вместе охватывают всю последовательность. |
gene |
|
|
Ключ описывает интервал ДНК, соответствующий генетическому признаку или фенотипу (границы интервала нестрогие) |
mRNA |
|
|
мРНК; участок включает в себя 5’-нетранслируемый конец (5’UTR), кодирующую последовательность (CDS, exon) и 3’-нетранслируемый конец (3’UTR) |
misk_RNA |
|
|
Любой транскрипт, который не может быть определен другими РНК-ключами (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA and tRNA). |
precursor_RNA |
|
|
Любой вид РНК, который еще не прош.ел процессинг. |
Repeat_region |
|
|
Область генома, содержащая повторяющиеся элементы. |
nc_RNA |
|
|
Некодирующий белок ген, отличающийся от рРНК и мРНК, на котором синтезируется РНК-транскрипт. |
Название: The 100,000 Genomes Project (Проект 100,000 геномов)
Страна: Великобритания
Организация: Genomics England
Цели: Индивидуализировать медицину, лучше изучить природу рака и многих генетических заболеваний,
упростить и удешевить их диагностирование,
подстегнуть развитие геномики Британии, просветительская деятельность.
Год запуска: 2012
На данный момент: Отсеквенированно 19,072 геномов (состояние на 6 февраля).
Сайт проекта: https://www.genomicsengland.co.uk/the-100000-genomes-project/
Последняя публикация: The 100 000 Genomes Project: What it means for paediatrics (9 декабря 2016)
Данный таксон: Heterolobosea
Требовалось составить таблицу митохондриальных генов для организма из данного таксона. Чтобы найти все полные митохондриальные геномы, в БД NCBI (Nucleotide) был выполнен следующий поисковой запрос: (((Heterolobosea[Organism]) AND complete[Title]) AND mitochondrion[Title]) AND genome[All Fields].
Найдено 9 результатов, из них 5 - GenBank, 4 - RefSeq.
Выбранный мною организм - Неглерия Фоулера (лат. Naegleria fowleri) — вид одноклеточных эукариотических организмов из семейства Vahlkampfiidae (Класс Heterolobosea).Представители обитают в естественных и искусственных пресных водоёмах при температуре 25—30 °C. Факультативный паразит человека, поражающий нервную систему, вызывающий первичный амёбный менингоэнцефалит. Заражение происходит во время купания или при контакте с грязной водой. Паразит попадает через нос в обонятельный нерв и пробирается по нему в головной мозг человека.[2]
Naegleria fowleri
Для получения списка митохондриальных генов была осуществлены следующие шаги: ссылка gene (в разделе Related information -> Sort by Chromosome). Всего было найдено 69 генов, из них только 47 кодируют белки (Categories - Protein-coding). Таблица с характеристиками кодирующих белки генов доступна по ссылке.
[1].
Echinococcus granulosus on Wikipedia
[2].
Неглерия Фоулера на Wikipedia
© Кучеренко Варвара 2015
