Задача |
Скрипт |
Входные данные |
Результат |
(seqret) Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл |
seqret "*_new.fasta" summ.fasta |
||
(seqretsplit) Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы |
seqretsplit summ.fasta |
||
(seqret) Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле |
echo -e "gb::genbank:BA000007[190:273]\ngb::genbank:BA000007[354:2816]\ngb::genbank:BA000007 [2818:3750]">cds.list seqret @cds.list fasta:cds.fasta |
||
(transeq) Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле |
transeq -table 11 cds.fasta aminoac.fasta |
||
(seqret) Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf |
Seqret ali.fasta msf::ali.msf |
С помощью программы blast2seq алгоритма blastn была построена карта локального сходства бактерий Bacillus anthracis str. Ames в качестве query (ось X) и Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 в качестве subject (ось Y).
Карта локального сходства
Выравнивания показаны в виде сплошных линий (для общего выравнивания Max score 8868; Total score 1.401e+06; Query cover 26%; E value 0.0; Ident 77%). Последовательности гомологичны, но на небольшой области перекрытия (средняя identity по наиболее гомологичным участкам - 80%).
Bacillus anthracis— вид грамположительных спорообразующих бактерий. Возбудитель сибирской язвы.[1]
Bacillus subtilis — вид грамположительных спорообразующих аэробных почвенных бактерий.Является продуцентом некоторых полипептидных антибиотиков, а также ферментов (амилазы, протеазы), получаемых промышленно. [2]
Эволюционные события
Инверсия
Вставки
[1].
Bacillus anthracis on Wikipedia
[2].
Bacillus subtilis on Wikipedia
© Кучеренко Варвара 2015