Для выполнения задания была использована последовательность белка фосфоглицераткиназы бактерии Coxiella burnetii RSA 493 с идентификатором
NP_820762.2.
Белок состои из 404 а.о.
С помощью сервиса CDD(Conserved Domain Database) для данного белка был получен список хитов, из которого были выбраны только те,
которые относятся к какому-либо КОГу.
Список хитов для белка NP_820762.2
Как можно видеть, КОГ нашелся всего один. Информация о нем была получена, в соответствии с последним релизом базы данных и сведена в таблицу 1.
Таблица 1. Общие сведения о КОГе
| ID | E-value | Координаты | Название | Функциональная категория |
| COG0126 | 0e+00 | 12-399 | 3-phosphoglycerate kinase (3-фосфоглицераткиназа) |
G - Carbohydrate transport and metabolism (Транспорт и метаболизм углеводов) |
Спомощью сервиса STRING был осуществлен поиск по белку
с указанным организмом: Coxiella burnetii RSA493 и найдено его геномное окружение.
Параметры отображения были оставлены по умолчанию (minimum required interaction score:0.400;
max number of interactors to show: 10 для 1st shell - первого уровня родства)
Изображение геномного окружения COG0126, STRING
Узлы графа обозначают КОГи, ребра графа обозначают как взимодействие, так и функциональную связь.
Узлы графа
Ребра графа
Gene neighbourhood для COG0126
Цветами обозначены соответствующие легенде КОГи, белыми стрелками обозначены гены из других КОГов, а их
направление указывает на направление транскрипции.
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST в БД GO были найдены последовательности, схожие с данной. Как оказалось, в базе данных присутствует рассматриваемый белок.
Термины GO, отнесенные к белку Q83AU6 (uniprot)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0006096 | glycolytic process | Гликолитический процесс | ISS |
| Молекулярная функция (Molecular function) | GO:0004618 | phosphoglycerate kinase activity | Активность фосфоглицераткиназы | ISS |
Описание кода достоверности:
| Код | Расшифровка | Объяснение | ISS | Inferred from sequence similarity/в основе - сходство последовательностей или структурное | ISS код или одна из его разновидностей используется, когда в основе аннотации лежал анализ последовательностей, при этом он должен был быть проверен вручную. Если такой проверки не производилось, корректно использовать код IEA. Общий код ISS должен быть указан, если применяется комбинация анализирующих сиквенсы инструментов и методов. В случае использования лишь одного метода следует указывать одну из подкатегорий ISS: ISA (Inferred from Sequence Alignment) - при анализе парного или множественного выравнивания, ISO (Inferred from Sequence Orthology) - при оценке ортологичности продуктов генов из разных организмов, ISM (Inferred from Sequence Model) - при использовании какого-либо метода моделирования (например, скрытой марковской модели). ISS также можно использовать при наличии структурного сходства с экспериментально описанными продуктами генов, установленного с помощью кристаллографии, ЯМР или вычислительных предсказаний. На практике код ISS практически никогда не применяют для аннотации, основанной только на информации о структуре. Если информация о ней и включается, то обычно она представляет собой данные моделирования вторичной структуры или предсказания структуры, основанного на последовательности. Информация о вторичной структуре бывает особенно полезна в качестве одного из компонентов предсказаний РНК-генов и в некоторых моделях доменов. |
© Кучеренко Варвара 2015