Поиск по PDB и содержание PDB файлов

Примеры атомов с коэффициентом заполнения (Occupancy), не равным 1

Стуктура омена человеческого антитела SD84 6CNW была найдена на сайте RCSB PDB с параметрами поиска 0<X-ray resolution<1 в Advanced search.
В задании требовалось найти в файле PDB атомы с Occupancy<1. Эта характеристика отображает долю кристаллических ячеек, в которых данный атом присутствует в указанной позиции (выражена в координатах).

Альтернативные расположения атомов азота цистеина из 6CNW: в 56% процентах кристаллических ячеек атом расположен в первой позиции (координаты: три числа после номера а.о. "22"), в 44% - в позиции по третьей строчке.

Примеры нерасшифрованных аминокислотных остатков

Нерасшифрованные а.о. - обычно очень остатки, чем и обусловлено плохое их распознавание методом РСА. По запросу в Advanced search X-ray 15>resolution>3 нашлись структуры с низким разрешением, в т.ч. тиоредоксин редуктаза 6BPY.

Фрагмент списка нерасшифрованных а.о.6BPY

Примеры несоответствия последовательностей нативного белка в Uniprot и закристаллизованного белка в PDB

C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали (может отличаться наличием тэгов, быть частью природного белка); (3) та часть последовательности (2), которую удалось кристаллизовать.
Задача состоит в том, чтобы найти примеры, когда (2) не совпадает с (1). По результатам поиска в RCSB PDB (Advanced search: Wild Type Protein, Include Expression Tags: Yes, Percent coverage of UniProt sequence: Any) была выбрана структура мышиной бета-маннозидазы 6DDT.

Фрагмент кристаллизованного белка 6DDT, отсутствующий в последовательности UniProt.

Поле DBREF указывает последовательности из других баз данных, соответствующие белку (в данном случае референс единственный). Строчки SEQADV обозначают остатки, отличающие кристаллическую структуру от референсной последовательности, указанной в DBREF. Сами отличия обусловлены добавлением тэга для более легкого выделения белка.
В перечень нерасшифрованных а.о. входят как раз остатки из тэга:

Пример лучшего и худшего B-фактора в структуре

B-фактор или температурный фактор - это величина, характризующая степень "размазанности" ЭП атома по отношению к предсказанному центру атома. По сути фактор говорит о подвижности атома. Чем меньше значение фактора, тем атом более статичен (<10Å - фиксированное положение атома, >50Å - высокоподвижный атом).

Для поиска лучшего и худшего B-фактора была использована структура из прошлого задания (B-факторы выделены оранжевым):

Назад
На главную