Определение вторичной структуры

Для выполнения задания была выбрана структура редуктазы 2J3J, представляющая из себя гомодимер.

J3J, разными цветами обозначены элементы вторичной структуры.

Цель практикума - оценить предсказания вторичной структуры алгоритмов Stride и DSSP, сравнив их с уже известной структурой. Для этого были выбраны 4 элемента вторичной структуры: 2 α-спирали и 2 β-тяжа. Для сравнения предсказанных участков в разных цепях были взяты симметричные элементы в другой цепи.

Выбранные для анализа элементы вторичной структуры (отмечены цветом)

Данные, касающиеся выбранных структур, из полученных после запуска обеих программ на kodomo итоговых файлов (stride_out.txt для Stride и dssp_out.txt для DSSP) были сведены в таблицу 1:/p>

Таблица 1. Сравнение предсказанных Stride и DSSP границ структур.
Структура	PDB	Stride	DSSP
helix 1	LYS A292-GLU A306 TYR B1293-ARG B1305	TYR A293-GLU A306 TYR B1293-ARG B1305	TYR A293-GLU A306 SER B1294-ILE B1304
helix 2	VAL A168-LYS A177 VAL B1168-MET B1178	VAL A168-MET A179 VAL B1168-MET B1178	GLY A169-LEU A175 GLY B1169-LYS B1177
strand 1	ASP A204-ASN A207 ASP B1204-ASN B1207	ASP A204-ASN A207 ASP B1204-ASN B1207	ASP A204-ASN A207 ASP B1204-ASN B1207
strand 2	GLN A79-SER A89 GLN B1079-SER B1089	GLN A79-SER A89 GLN B1079-SER B1089	GLN A79-SER A89 GLN B1079-SER B1089

Совпадение предсказаний обеих программ с данными PDB оказалось достаточно точным. Для β-тяжей границы, определенные всеми тремя способами, полностью одинаковы. α-спирали, предсказанные DSSP, оказались на 1-2 граничных остатка короче, что не столь существенно.