L-rhamnose isomerase

Изомераза L-рамнозы - фермент, участвующий в процессе биосинтеза L - изомера сахара рамнозы, входящего в состав полисахаридов грам-отрицательных бактерий.


Содержание:


  • Таблица идентификаторов в разных базах данных
  • Комментарий об изменениях в записи Uniprot по сравнению с первой записью с примерами
  • Сравнение записей, относящихся к гомологичным белкам
  • Пример представления наличия селеноцистеина в последовательности белка
  • Комментарий о различиях в информации в записях Uniprot и RefSeq


Таблица идентификаторов в разных базах данных
База данных Идентификатор
Uniprot ID: RHAA_BACTN
AC: Q8A1A2
Uniref50 UniRef50_Q8FBE0
RefSeq Proteins NP_812675.1
PDB 1DE5


Измения в записи Uniprot по сравнению с первой версией



Первая запись о белке была опубликована в базе данных Uniprot 1 июня 2006 года. На данный момент опубликовано 76 версий записи, последнее изменение датировано 7 января 2015 года. Из значительных изменений можно выделить добавление 28 новых ссылок на другие базы данных и удалено 2 старых (показано на рисунке 1), поля Feature Table, содержащее информацию о специфических особенностях белка (в данном случае - о связанных ионах марганца), ключевых слов (Isomerase; Manganese; Metal-binding; Rhamnose metabolism) , ID записи был изменен на RHAA_BACTN, а существование белка (поле Protein Evidence) было обосновано по гомологичности. Часть этих изменений показана на рисунке 2.


Рисунок 1. Пример добавления ссылок на другие базы данных

Удаленная исходная информация - две ссылки и ключевые слова (Isomerase, Complete proteome) выделена желтым цветом и отмечена знаком "-". Добавленная информация выделена зеленым и отмечена знаком "+".

Рисунок 2.Добавлены новые ключевые слова, обоснование существования белка, запись Feature Table.


Сравнение записи Uniprot с записями гомологичных белков из геномов других бактерий


Таблица сравнения записи о белке из генома бактерии Bacteroides thetaiotaomicron с записями о гомологичных белках организмов Escherichia coli, Salmonella choleraesuis, Salmonella heidelberg, Salmonella paratyphi B.

приведена по ссылке.

Записи о белках всех организмов были отрецензированы кураторами Swiss-Prot. Существование 4х белков было выведено по гомологии, а у белка организма Escherichia coli - доказано эксперементально. Для него известна трехмерная структура в трех вариантах (см. рис. 3) Длины гомологов различаются незначительно (максимум 1 ак). Из сходных свойств можно выделить связывание белками ионов марганца (1 на субъединицу).


Рисунок 3.Наличие трехмерных структур у белка L-rhamnose isomerase организма Escherichia coli, штамм K12


Пример представления наличия селеноцистеина в последовательности белка


Белок Glutathione peroxidase 1 из протеома серой крысы (Rattus norvegicus) имеет в своей последовательности селеноцистеин. Это отражено в записи Uniprot в поле Feature Table: FT NON_STD 47 47 Selenocysteine. FT {ECO:0000269|PubMed:6217842}. То есть, прописано наличие нестандартной аминокислоты.



Сравнение


В базах Uniprot и RefSeq Proteins информация о белке содержится в отличающихся формах записи; так, в записи Uniprot широко представлены ссылки на другие базы данных, количество которых обновляется с каждым релизом (поле DR), тогда как в записи RefSeq таких ссылок гораздо меньше, и они указывают на конкретные базы, имеющие собственные поля (например, PUBMED). Поле FEATURES в записи RefSeq (аналог Feature Table), напротив, более структурировано и содержит строгое внутреннее деление. В целом, запись Uniprot длинее записи RefSeq из-за не представленных в последней специфических полей, таких как Protein Evidence (обоснования существования белка), обилия ссылок и полей СС, многие из которых заполнены автоматически, о чем свидетельствуют ссылки на источник вида {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_00541}.


Ссылки на записи:
Запись Uniprot
Запись RefSeq



Назад к странице семестров

© Andrew Sigorskih,2015.