Поиск в базах данных

Содержание:

Упражнения

Uniprot:
1.Код референсного протеома бактерии Brucella abortus: UP000002719
2.Число белков систем секреции в референсном протеоме B. abortus: 14
3.Число белков систем секреции в референсном протеоме B. abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные: 14
4.Число белков, связывающих атом железа, в референсном протеоме B. abortus: 21

PubMed:
5.Статья Блюменталя (Blumenthal) c названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans":
  • Запрос: "Blumenthal[au] trans-splicing[ti] AND operons[ti] AND С. elegans[ti]"
  • Число результатов: 3
  • PMID: 23175478

6.Excel-файл со списком статей, в которых цитируется данная работа: статей 10, из них 8 в открытом доступе.

PDB: 7.Список структур бактериальных белков из систем секреции типа IV:
  • Запрос: TaxonomyTree Search for cellular organisms and Chain Type: there is a Protein chain but not any DNA or RNA or Hybrid and StructTitleQuery: struct.title.comparator=contains struct.title.value=type IV secretion system
  • Excel-таблица со списком информации о структурах.


Белки, содержащие пирролизин

Пирролизин (Pyl, O) - природная аминокислота, входящая в состав некоторых ферментов метаболизма метана. Является производным лизина и кодируется кодоном UAG, обычно являющимся 'amber' стоп-кодоном. Ниже представлена некоторая информация о белках, в состав которых входит пирролизин, полученная из различных баз данных.

Рис.1 - структура пирролизина

Таблица записей Uniprot о белках, содержащих пирролизин

По результатам запроса annotation:(type:non_std pyrrolysine) было найдено 90 белков. 82 из них принадлежат организмам домена Archaea, тип Euryarchaeota, в который входят метаногенные археи и экстремальные термофилы и галофилы, а 8 - отделу Firmicutes домена Bacteria, представители которого характеризуются низким (меньше 50%) содержанием пар нуклеотидов Г-Ц и строением клеточной стенки, характерным для грамположительных бактерий.

По запросу (Pyrrolysine translation[Title/Abstract]) Pubmed выдал одну статью, которая содержит информацию о том, что в геноме некоторых организмов и при определенных обстоятельствах пирролизин кодируется 'amber' стоп-кодоном UAG, но полный механизм еще не до конца изучен. Если расширить параметры поиска, выполнив запрос pyrrolysine [Title/Abstract] AND translation [Title/Abstract], Pubmed выдаст 34 статьи, которые приведены здесь в формате .csv.

Все аннотированные белки принадлежат к классу метилтрансфераз (2.1.1.-). Среди неаннотированных белков встречаются как уже указанные метилтрансферазы, так и ряд других, например:

Также, 17 добавленных ТrEMBL белков вообще не охарактеризованы (Uncharacterized protein)
Uniref 50 выдает наличие 28 кластеров, приведенных в таблице.

По запросу "pyrrolysine" PDB выдает 51 структуру, список которых приведен по ссылке Это список вообще всех записей, имеющих хоть какое-то отношение к пирролизину, в том числе различные этапы синтеза пирролизина белками и различные комплексы пирролизин - синтезирующих белков, например, с NADH. Если ограничить поиск, можно прибегнуть к помощи параметров "Chemical ID(s): PYL" и "Polymeric type: Polymeric", то есть, мы получим все структуры, содержащие пирролизин в своей цепи. Их всего две: 1NTH и 1L2Q. Оба белка являются монометиламин метилтрансферазами (mtmB), принадлежащими архее Methanosarcina barkeri. Просмотреть результат можно по ссылке.



Назад к странице семестров

© Andrew Sigorskih,2015.