Практикум 11

  1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

    2. Было выбрано семейство под названием Archaea-specific editing domain of threonyl-tRNA synthetase.

  2. Краткое описание семейства tRNA-Thr_ED

    3. AC семейства (PF-номер): PF08915
    ID: tRNA-Thr_ED
    Название: Archaea-specific editing domain of threonyl-tRNA synthetase
    Число последовательностей в seed: 77
    Число последовательностей в full: 232

    5 доменных архитектур:

    • Архитектура 1
    • Архитектура 2
    • Архитектура 3
    • Архитектура 4
    • Архитектура 5

    Вторая архитектура, вероятно, не сохранила функцию белка, остался только фрагмент, в том числе отсутствует антикодон-связывающий домен, обозначенный синим на других схемах.

    3D-структура данной треонил-тРНК-синтетазы архей сходна с деацилазами D-аминокислот, характерными для бактерий и эукариот. Если я правильно понимаю, треонил-тРНК-синтетазе архей соответствует первая архитектура, а деацилазам D-аминокислот - вторая.

  3. Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

    4. К максимальным достоверным блокам, включающим все последовательности, относится, например, участок с 83 по 89 позиции выравнивания.

    К максимальным достоверным блокам, включающим только часть последовательностей, можно отнести участок с 139 по 146 позиции выравнивания.

    Сложно что-то говорить про гомологию аминокислот с 30 по 35 позиции, так как они очень вариабельны.

    Скорее всего, выравнивание хорошо отражает гомологию последовательностей в участках активных центров и тех, которые с ними связаны, а в линкерных участках, например, маловероятно, что выравнивание соответствует гомологии.