Практикум 7

  1. Выбор белка

    2. Поиск всех белков археи Methanothermococcus okinawensis можно осуществить при помощи запроса (taxonomy_id:155863).

    При этом хотелось бы, чтобы достоверность существования белка была как можно выше, однако запросы (taxonomy_id:155863) AND (existence:1) и (taxonomy_id:155863) AND (existence:2) не дают результатов, самые достоверно существующие белки были найдены из гомологии.

    Есть также один белок, аннотированный вручную, но он имеет значение параметра annotation score 3/5, и будто бы лучше выбрать белок с лучшей аннотацией.

    Выбранный белок - гираза (AC A0A833DZW1) имеет annotation score равный 4/5. Это топоизомераза, вносящая супервитки в молекулу ДНК с использованием АТФ, этот фермент характерен для термофильных организизмов, так как позволяет стабилизировать ДНК при высоких температурах.

  2. Информация о белке

    3. Обратная гираза (reverse gyrase), в отличие от обычных гираз, вносит положительные, а не отрицательные супервитки. При этом фермент может и релаксировать отрицательно суперспирализованную ДНК, и создавать положительную суперспирализацию.

  3. Кластеры похожих белков

    4. Судя по абсолютным размерам кластеров, белок не сильно распространён: в кластере UniRef50 всего 19 белков.

    Консервативность белка, вероятно, можно оценить по относительным размерам кластеров в кластере UniRef90 и в кластере UniRef50, но я не совсем понимаю, каково пороговое значение этого отношения, и в целом данных будто бы не очень много, чтобы делать точные выводы о консервативности

    База данных Количество белков в кластере
    UniRef100 1
    UniRef90 3
    UniRef50 19

  4. Поисковые запросы

    5. (taxonomy_id:155863) AND (keyword:Topoisomerase) AND (existence:3)
    У археи Methanothermococcus okinawensis есть 24 фермента, изменяющих топологию ДНК.

    (protein_name:"Reverse gyrase")
    Среди всех организмов есть 1557 белков с функцией гиразы.

    (protein_name:"Reverse gyrase") NOT (existence:4) NOT (existence:5)
    Среди этих белков 670 предположены из гомологии либо изучены на уровне белка либо транскрипта.

    (protein_name:"Reverse gyrase") AND (taxonomy_id:2157) NOT (existence:4) NOT (existence:5)
    Из этих 670 гираз среди всех организмов 511 принадлежат археям

    (protein_name:"Reverse gyrase") AND (taxonomy_id:2157) NOT (existence:4) NOT (existence:5) AND (cc_miscellaneous:hyperthermophilic)
    Из них 501 - гипертермофильным.