Практикум 1
Задание 2
Упражнение 1
Упражнение 2
Задание 3
Заданное основание - тимин.
Хугстиновские взаимодействия менее выгодны в контексте двухцепочечной ДНК, чем канонические, так как нарушается геометрия спирали.
Можно нарисовать ещё два варианта неканонических A-T пар, но в этих случаях их существование в двухцепочечной ДНК, наверное, практически невозможно, потому что нарушение геометрии ещё более сильное.
Мисматчи вида T-G могли бы выглядеть так. Первая ситуация выглядит чуть более вероятной.
Мисматч вида T-C имеет сильно сближенные 1' углеродные атомы, кроме того, мне кажется, что кислороды при 2 атоме углерода могут отталкиваться.
Таутомерное равновесие сдвинуто в сторону кетона, что снижает вероятность формирования стуктур с енолами. Наиболее похожи на каноническую A-T пару две структуры:
Остальные варианты G-T пар с енольными формами тем более маловероятно встретить в двухцепочечной ДНК, опять-таки из-за иного положения 1' углеродных атомов.
В последних двух случаях у водородных связей получается не очень хороший угол. Они могут формироваться в довольно большом диапазоне углов, но, вероятно, будут не настолько прочными в таком случае.
Пара T-T, где один из тиминов в енольной форме, кажется ещё менее устойчивой из-за взаимного отталкивания двух кислородов.
Если говорить не о двухцепочечной ДНК, а об отдельных основаниях в растворе, мне кажется, все эти варианты могут находиться в равновесии.