Практикум 2

Задание 1

Ссылки на файлы:

Задание 2

  • Изучение экспериментальных структур

    Таблица 1. Данные о строении экспериментальных структур с PDB*

    A-форма B-форма Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
    Шаг спирали (Å) 30.9
    		 36.7 43.5*
    Число оснований на виток 11 10 12*
    Ширина большой бороздки (Å) 12.7
    (A/DC`2/P - B/DT`7/P)    		 16.7
    (A/DA`5/P - B/DG`16/P)    		 15.7
    (A/DC`3/P -  B/DC`9/P)
    Ширина малой бороздки (Å) 15.8
    (B/DT`7/P - A/DG`11/P)    		 14.6
    (B/DG`24/P - A/DA`5/P)    		 8.2
    (A/8MG`4/P - A/8MG`4/P)
    * - экспериментальная структура содержит слишком маленький фрагмент, поэтому данные взяты из сгенерированной структуры

    • Задание 3

    Упраженение 1

    Заданная тРНК – 1gts.

    В таблице 2 для каждого угла тРНК приведено среднее арифметическое от всех углов из файла 1gts_old.out. Чисто внешне мне не было понятно, на какую форму ДНК больше похожа тРНК, поэтому я посчитала величину

    |alpha1 – alpha2| + |beta1 – beta2| + ... + |chi1 – chi2|

    для тРНК и каждой из форм ДНК, и для A-формы ДНК она оказалась наименьшей, следовательно спирали в данной тРНК больше всего похожи на A ДНК.

    Таблица 2. Сравниение значений торсионных углов тРНК (углы приведены в градусах)

    alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
    A ДНК -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2
    B ДНК -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0
    Z ДНК -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82,0 -154,3
    Данная тРНК (1gts) -36,3 57 59,2 87,1 -110,7 -65,6 -133,1

    Упраженение 2